Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 437,485 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 437,485 | 0 | A | T | 99.2% | 557.4 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (114/121); minor base C (2/0); total (117/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 437,486 | 0 | G | C | 98.7% | 546.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (117/119); total (117/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 437,487 | 0 | C | G | 100.0% | 558.3 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (117/122); total (117/122) |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGCCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTAGTAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCAGTCGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACG > CP042583/437205‑437762 ||| actgtcacTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGACTGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATg > 2:1423034/8‑289 (MQ=255) ctgtcacTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATgg > 1:912435/7‑289 (MQ=255) cacTGGGTTCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTgg < 2:676442/287‑1 (MQ=255) tGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCgg > 1:212338/1‑289 (MQ=255) 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tAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAAcc < 1:322947/286‑1 (MQ=255) tAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAAcc < 2:212338/286‑1 (MQ=255) aagcatcggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAAcc > 1:513667/9‑280 (MQ=255) agcatcggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGaa < 2:401345/282‑1 (MQ=255) cggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACAACACCT‑AGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGGACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCt < 2:1222306/287‑1 (MQ=255) cggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCt < 1:1914601/287‑1 (MQ=255) cggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATT‑TTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTc < 1:29741/287‑1 (MQ=255) cggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGGTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTACGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGCGACGGTGTCGGTTATGGTTGGCGTGGCTGCAGCGGTATTTGAACGTGGTAAGCCGCTGTTTGAACTGc > 2:1290714/3‑288 (MQ=255) ggACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTACGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTc < 1:1576557/288‑1 (MQ=255) aatcatTTTTATTCTGGGGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTAAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGt < 2:1877442/288‑1 (MQ=255) atGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCAc > 1:850270/1‑287 (MQ=255) atGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCAc > 1:272016/1‑287 (MQ=255) 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tCGGTGGGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCg < 2:53407/289‑1 (MQ=255) gAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGGACGTGTTAAACAGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCGCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTaaa < 2:498126/288‑1 (MQ=255) aaGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAAc > 1:480066/1‑288 (MQ=255) aGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACg < 2:459108/288‑1 (MQ=255) aGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACg < 1:969197/288‑1 (MQ=255) aGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACg < 1:719144/288‑1 (MQ=255) ||| ACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGAC‑ACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGCCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTAGTAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCAGTCGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACG > CP042583/437205‑437762 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |