| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,779,481 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,779,481 | 0 | A | T | 100.0% | 365.3 / NA | 155 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (101/54); total (101/54) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,779,482 | 0 | G | C | 99.4% | 354.1 / NA | 155 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (101/53); minor base A (0/1); total (101/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,779,483 | 0 | T | A | 100.0% | 365.6 / NA | 155 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (101/54); total (101/54) | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGAGTCCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCT‑TCTTTCTGAATT > CP042583/1779203‑1779761 ||| cGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGaa < 2:1059927/289‑1 (MQ=255) 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ctcATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGtt > 1:51291/1‑289 (MQ=255) aTTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTtat > 1:1010252/1‑288 (MQ=255) tATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATAc > 1:959584/1‑288 (MQ=255) 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aaTATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCT‑TCTTTCTGAAtt > 1:433884/1‑289 (MQ=255) aaTATATGTCACCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGGTAAGTTTGACTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCAGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTGAGTCACCCTTGCTACCGGCCGCGGTGTGGTGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGGAACAT‑TCTCTCTCTCTGAAtt > 2:12831/1‑289 (MQ=255) ||| CGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACTGTGATCTGCTTTCCAGATATTTTTCGCTCAAACAACTAATGCGCCAAACATTTATTGCGCGTAAAATATCGTTTATTTCATTAATACATTTCAGGGATGAATATATGAGTCCGCAGAATAATCATCTGCAGCGTCCGCCTGCTGCTGTGTTATACGCCGATGAACTGGCAAAATTAAAACAAAATGATAACGCACCTTGCCCGCCCGGTTGGCAGTTAAGTTTGCCTGCGGCCCGTGCTTTTATCCTTGGCGACGAAGCGCAAAATATCAGCCGTAAAGTGGTGATTAGCCCCTCCGCTGTCGAACGTATGTTAGTCACTCTTGCTACCGGCCGCGGTTTGATGTTGGTGGGGGAACCGGGTACCGCAAAATCTCT‑TCTTTCTGAATT > CP042583/1779203‑1779761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |