Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,785,541 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,785,541 | 0 | A | T | 99.2% | 609.0 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,785,542 | 0 | G | C | 100.0% | 612.9 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (152/109); total (152/109) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,785,543 | 0 | T | A | 99.6% | 610.1 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (152/107); minor base G (0/1); total (152/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
AGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTG‑CTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCG > CP042583/1785261‑1785821 ||| agcGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTG‑CTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACg < 1:100414/287‑1 (MQ=255) 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tACCAGCCTCAGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGgc > 1:1113756/1‑288 (MQ=255) tACCAGCCGCAGCCAGCGCACCTTAGGCCGGTGAACGCATGGCGGCGCTTTGGCAACAAACAGACGACCCCGTGGGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGAAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGgcg < 1:1898330/289‑1 (MQ=255) ||| AGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCGTCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTG‑CTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCATAACGGCTGGCG > CP042583/1785261‑1785821 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |