Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,788,293 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,788,293 | 0 | G | C | 99.3% | 692.0 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,788,294 | 0 | C | G | 99.3% | 691.0 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (149/145); total (151/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,788,295 | 0 | T | A | 99.7% | 701.6 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (150/146); total (151/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGGCTCTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCACTCTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCGCTAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATACTACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCATACAA > CP042583/1788016‑1788574 ||| ccGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCtt > 2:1617378/1‑289 (MQ=255) aCCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCCCA‑GTCGGGGCCCTGATTGCCAC‑CGCCCTGTTACCAGGCAGTTGTGACTCCCAATGTTTATTGGCTTTTTCACCAACCGTTTGAAGGGAAACCGC‑GGCAAATGGTGCCTGGGTAATTCTTGCGGGATAGC‑AATTGTGCACCT‑CAAACGCCACCGGAAAGCCGCCCTTTCCATTTTCCAGA‑AAACAATTACACGTCTAATTTCGGCCGCCGGAGTGACAAACACACAAAGCCTCTTATAGGTTTTGCGGa > 2:1154177/1‑289 (MQ=255) aCCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCACCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGGCCTGAAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCGTTAAGTTTTTGCgg > 1:1113332/1‑289 (MQ=255) gCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGATTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaa > 2:24787/1‑289 (MQ=255) cATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaaa > 1:1604691/1‑289 (MQ=255) aTTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaaa < 1:251897/288‑1 (MQ=255) ttGTCTTCCATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GAAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAg < 2:904714/289‑1 (MQ=255) 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gggcggATTGCCCCCTGCCGTGTATCCG‑GCACGTGTGATGTCCCATGTTTACGGGCGTTTTCCACTATCGGTTGGAGGGTAAACGCGGGCAATTGGTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTcg < 2:1722003/283‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTcgc > 1:802181/1‑289 (MQ=255) gcgcTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGCGACTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTcg < 1:844872/288‑1 (MQ=255) 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gTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCTGACTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCCGAAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATTGAACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCa < 2:1496803/288‑1 (MQ=255) aaCAAACTCCGAAGGCCGTTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAGGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCTGACTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCCGAAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATTGAACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCAt < 2:785719/287‑1 (MQ=255) aaCAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCTGACTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCCGAAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATTGAACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCATa < 1:716043/288‑1 (MQ=255) ||| CCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTC‑GGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCA‑GCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGC‑AA‑TGTTGACCTGCAACCGGCTCTGG‑AAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCACTCTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCGCTAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATACTACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCATACAA > CP042583/1788016‑1788574 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |