| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,800,733 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,800,733 | 0 | A | T | 99.4% | 393.9 / NA | 169 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,800,734 | 0 | G | C | 98.2% | 386.8 / NA | 169 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (100/65); minor base A (1/2); total (101/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,800,735 | 0 | T | A | 100.0% | 401.0 / NA | 169 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (101/68); total (101/68) | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
TGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCT > CP042583/1800463‑1801012 ||| gagaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCcg < 1:162556/288‑1 (MQ=255) agaAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCcgc > 2:1480524/1‑288 (MQ=255) aaaTCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCTCACAATATGGTTATGCcgc > 2:127815/1‑286 (MQ=255) ttttCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACCCTTATCTCACAATCGGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTa > 2:692503/1‑289 (MQ=255) 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tACACTTATCTCACAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACgcgc < 1:1452286/289‑1 (MQ=255) acacTTATCTCAAAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCTCGAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCt < 1:1852254/289‑1 (MQ=255) ||| TGAGAAATCGTTTCGTTTTCGCGATTAATCACCTGCATTTCACGATCGGGATGGGAAAACAGTCCCCAGACATGGCTCATACCGCCCCCTTGTTGTGAGTTCATGAACCTGACAGTTCAAGTATAAGTCAGCTTGTGATTATTTTTTGTTCGCCCATGTAATTTTCACTGTCTGATGAACGTCCTTTTTCAGCGTGAATGATTCACAGGGTGTATGCTTACTGGCAACCAAAG‑GGAGACAGACTGGCCTATGGATCTCAATACACTTATCAGTCAATATGGTTATGCCGCGCTGGTGATCGGTAGCCTGGCGGAAGGTGAAACCGTGACTTTGCTGGGAGGCGTTGCGGCGCATCAGGGGCTATTAAAGTTCCCGCTGGTGGTACTTTCTGTGGCGCTTGGCGGCATGATTGGCGACCAGGTGCTCTATCTGTGCGGGCGGCGGTTTGGCGGCAAGCTGTTACGCCGTTTCAGCAAACATCAGGATAAAATTGAGCGGGCGCAGAAACTTATCCAACGCCATCCGTATCTGTTTGTCATTGGTACGCGCT > CP042583/1800463‑1801012 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |