| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 521,689 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 521,689 | 0 | G | C | 99.1% | 542.0 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 521,690 | 0 | C | G | 99.6% | 536.8 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (108/122); total (110/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 521,691 | 0 | T | A | 97.0% | 518.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (108/116); minor base G (1/6); total (110/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGC‑CATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGA > CP042583/521410‑521970 ||| cTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGC‑CATc > 1:606938/1‑288 (MQ=255) cggAATTGTCCGGCCCTGTTTTGCGGCGAAGGAACCCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGC‑CATCGCgg < 2:1772405/287‑1 (MQ=255) tGAACTCGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTACAGGACACCAGTGGAACCGGCGGCACCTTGAGCCAGACGTGTTGGCGTGATTGCCGTTCCTCCCGGCTGACGAACAGCTCGGGAACTGCTACCGCATGGTCGCTGGCTCGTTCAGTGACTCGGGT‑CGTGGCTTACTCCCTCCCCCGATGCACATCATCGACCACCGAGC‑CATcgcttg > 2:1445873/1‑286 (MQ=255) tttccgCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGC‑CATCGCGGTa > 1:563328/6‑288 (MQ=255) gCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCAACTGATGCACAACATCGATCACCGAGC‑CATCGCGGTAACGccc > 1:959442/1‑287 (MQ=255) cccTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTTATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGC‑CTTCCCGGACACGcaccacag > 2:1606751/1‑287 (MQ=255) tGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACCGAGC‑CATCGCGGTAACGCACAACGGCAacgacg < 1:378241/289‑1 (MQ=255) 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tGCACAACATCGATCACCGAGC‑CATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGcgcg > 1:1355313/1‑288 (MQ=255) aacaTCGATCACCGAGC‑CATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACgatg > 2:1068566/1‑289 (MQ=255) acaTCGATCACCGAGC‑CATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACgatga > 1:912741/1‑289 (MQ=255) ||| CTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAG‑GAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGC‑CATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGA > CP042583/521410‑521970 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |