Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,808,128 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,808,128 | 0 | A | T | 99.5% | 470.0 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,808,129 | 0 | G | C | 100.0% | 469.8 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (99/99); total (99/99) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,808,130 | 0 | T | A | 99.0% | 467.7 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/99); minor base C (2/0); total (99/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CGGCCTCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCAAGTGATATTGTTCTCGATTACGCAGGCTTTCGTACGCTGGATTCCATCGTGCGTACACGCAAAGTTTTCGATACTAATGATTTCATTATTATCACCCAACGTTTCCACTGTGAGCGAGCATTATTTATTGCGCTGCATATGGGGATTCAGGCTCAGTGTTATGCCGTACCGAGTCCGAAAGATATGCTGAGTGTACGTATTCGTGAATTTGCCGCCCGTTTCGGTGCGCTGGCTGACCTTTATATTTTTAAACGTGAACCGCGTTTTTTAGGGCCGCTGGTC > CP042583/1807851‑1808409 ||| tCGATCGCTGGATGAGCTGGAAAACCGCGCCTTATATCTACGACGAATTGCAGGATCTCCCCTACCGCCAGGTCGGTGTGGTGCTCGGAACAGCAAAATATTATCGTACTGGCGTAATTAATCAGTATTATCGCTACCGCATTCAAGGAGCGATTAATGCCTATAACAGCGGTAAGGTAAATTATCTATTACTGAGCGGCGATAACGCATTGCAAAGTTATAATGAGCCGATGACCATGCGCAAAGATTTAATCGCTGCTGGTGTCGACCCATCAGATATTGTTCTCGa < 1:494215/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |