Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,809,466 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,466 | 0 | A | T | 99.6% | 559.7 / ‑5.0 | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,809,468 | 0 | T | A | 99.6% | 568.6 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/118); minor base C (1/0); total (122/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTA > CP042583/1809190‑1809747 ||| tGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg < 2:491604/289‑1 (MQ=255) 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gTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGGATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGGGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGAGTGCCGTCGACTTCTTGCACCGTGCACGACAGGACCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTCTCGGCGGCGGTGATGTCCTGATgagc > 2:1774873/1‑286 (MQ=255) taaCCGCAATCAGTGTTGGATGCAGGGATCGCCCGAATTGAAAAAAAGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGAc < 2:671305/286‑1 (MQ=255) aCCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTa > 1:1391351/1‑289 (MQ=255) ||| TGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTA > CP042583/1809190‑1809747 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |