Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,809,601 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,809,601 | 0 | A | T | 99.6% | 529.7 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,602 | 0 | G | C | 100.0% | 533.3 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (125/99); total (125/99) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,603 | 0 | T | A | 99.6% | 535.2 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (124/99); minor base C (1/0); total (125/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGT‑GAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTAGCATCATCGATGGATTC > CP042583/1809313‑1809879 ||| cTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGGATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGGGCGGTAACGGTCACCGGGGGGTTaa > 2:465032/1‑289 (MQ=255) 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aCCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCcaca < 1:24729/289‑1 (MQ=255) ccccGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACaa > 1:1353102/1‑289 (MQ=255) ccGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAg < 1:606530/289‑1 (MQ=255) 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cGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGT‑GAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTTCGATCATCGATGGATTc > 1:420154/1‑289 (MQ=255) cGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGT‑GAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTTCGATCATCGATGGATTc > 1:1182327/1‑289 (MQ=255) cGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGT‑GAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTTCGATCATCGATGGATTc > 1:1250830/1‑289 (MQ=255) ||| CTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGT‑GAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTAGCATCATCGATGGATTC > CP042583/1809313‑1809879 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |