Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,812,547 | 6 bp→CGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,812,547 | 0 | G | C | 97.4% | 519.5 / ‑3.7 | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base C (107/114); total (115/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,548 | 0 | C | G | 97.0% | 522.3 / ‑0.6 | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (109/115); minor base A (5/2); total (115/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,549 | 0 | T | A | 97.4% | 520.4 / ‑4.3 | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/2); new base A (109/115); total (115/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,550 | 0 | A | T | 98.2% | 530.7 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/0); major base T (107/115); minor base G (4/0); total (115/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,551 | 0 | C | G | 97.8% | 528.7 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (109/117); total (115/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,552 | 0 | T | A | 98.7% | 546.0 / ‑2.1 | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/117); minor base . (3/0); total (115/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACGCTAC‑TCTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTGTTAT > CP042583/1812276‑1812819 ||||||| tGCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑AC‑CGACGACTGGGTGAG‑Aat > 2:1622746/1‑289 (MQ=255) gCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑Aat < 1:397057/288‑1 (MQ=255) cGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑ATTCC‑GC‑ACCAATG‑ACTGGGGGAG‑AATAtt > 1:547990/1‑289 (MQ=255) gCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTAc < 1:1275862/288‑1 (MQ=255) gCGTGGTAATGAACGACGTCACGTTGCGATAAGCGATAATCCGACCGTGGATCAAACCGATCACCGCACCCATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTAc < 2:1651746/288‑1 (MQ=255) gTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACtt < 1:1450605/288‑1 (MQ=255) gTGGGAATGAACGGCGTCACGGTGAGATAAGCGATAATCAAACCGGTGACCAAACCGATCACCGAACCAATGGCACAGACAATCAGAAGAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACtt < 2:1860308/288‑1 (MQ=255) gAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAAc < 1:51927/289‑1 (MQ=255) gAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAAc < 2:554811/289‑1 (MQ=255) aaCGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACa > 1:1576407/1‑289 (MQ=255) cGTCACGTTGAGATAAGCGCTAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACCCTTTGTTGGCGTTATCCATGGCATGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGACAGAACGGTCCCCTGGGTGACAAGTAACCCTGCCACTCCGAGCGCCATAAT‑AATAC‑GC‑CCTGATG‑ACT‑GGTGAGAAATATTACTTACGTTCAACaaccct > 2:1285255/1‑284 (MQ=255) cGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATTTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGAACAGCAGAAAGAACGGTCCCCTGGTTGACAATTAACCCTTCAACACCGACCGCTATAAT‑AATAC‑GC‑ACTGCAC‑ACACGTCGAG‑AAAATTACTTAAGtgtataagacc > 2:1542679/1‑278 (MQ=255) cGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCAACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGATCGCGATACT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGCGAG‑AATATTACTCAAGTTCAACAgcatt > 1:1645692/1‑285 (MQ=255) aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGt > 1:1549566/1‑287 (MQ=255) aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGAGG‑ACGGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTTGGt > 2:65373/1‑287 (MQ=255) aGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGGGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATCC‑GCAACGAT‑G‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGt > 2:49872/1‑287 (MQ=255) 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cACCAATGCACCAAACAATCAGAATAACCGGCAGAAACGGCATCGTCGCCATGTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCAGGGACTGAAATAATGTCGCCGCCACCGCGGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGGTCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 2:1305741/289‑1 (MQ=255) gCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGAAGTaac > 2:1198903/1‑288 (MQ=255) gACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATAcc > 2:528794/1‑288 (MQ=255) 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aaaTCAGAATGACAACGGCAATCGGGATCGTGGCCATTTCCGGGACCACTTTGTTGGCGTTATCCATGGGCTGCAATGATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 2:1826006/288‑1 (MQ=255) gcgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagt > 1:1724685/1‑289 (MQ=255) gcgcAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGgtaagt > 1:221462/1‑289 (MQ=255) 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gCCACACCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACgag > 2:1398763/1‑269 (MQ=255) cacCGAGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACg < 1:46772/289‑1 (MQ=255) aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTg > 2:1324210/1‑289 (MQ=255) aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACGGTCTg > 2:1567757/1‑289 (MQ=255) aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCAGTAAACGACACCATTGCTAATGACCAGAATACgg > 2:829616/1‑285 (MQ=255) aGCGCGATAAT‑AATAC‑GC‑ACCGATG‑ACTGGGTGAG‑AATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGCTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTCATGACCAGAATACgg > 1:706642/1‑285 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |