Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,813,960 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,813,960 | 0 | G | C | 99.6% | 629.4 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (116/150); total (116/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,813,961 | 0 | C | G | 99.6% | 625.6 / ‑5.7 | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (114/150); minor base A (1/0); total (116/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,813,962 | 0 | T | A | 99.6% | 633.6 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (116/150); total (116/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CTCTTTTTCGGTTAAGCTAGAAGTCGGTTCATCCATAATCACAATTTTCGCGT‑TATAGGAAAACGCTTTGGCGATTTCGATCATCTGCATTTGGCTAACGGATAATGTGCCGACGCGCGCACGCGGATCGATATCAATATCCAGTTCGTCAAAAATCGCTTTGGTTTCGCGGTACATTTTGTCCTGATCGACAAACATGCCTTTGGTGGGATATCGCCCCAGCCACATGTTATCCATCACGCTACGTTGTAATACCAGGTTTAACTCCTGGTGTACCATGCTAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTGCTTTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTACTGCTGACCATATAATTTTA > CP042583/1813681‑1814241 ||| ctctTTTTCGGTTAACGAAGAAGTCGGTTCATCCATAATCACAATTTTCGCGT‑TATAGGAAAACGCTTTGGCGATTTCGATCATCTGCATTTGCGAAACGGATAATGTGCCGACGCGCGCACGCGGATCGATATCAATATCCAGTTCGTCAAAAATCGCTTTGGTTTCGCGGTACATTTTGTCCTGATCGACAAACATGCCTTTGGTGGGATATCGCCCCAGCCACATGTTATCCATCACCGAACGTTGTAATACCAGGTTTAACTCCTGGTGTACCATCGAAATACCa < 2:415402/289‑1 (MQ=255) ccttttttCGGTTAACGAATAAGTCGGTTCATCCTTAATCACAATTTTCGCGT‑TATAGGAAAACGCTTTGGCGATTTCGATCATCTGCATTTGCGACACGGATAATGTGCCGACGCGCGCACGCGGTTCGATATCAATATCCAGTTGGTAAAAAATCGCTTTGGTTTCGCGGTACATTTTGTCCTGATCGACAAACATGCCTTTGGTGGGATATCGACCCAGCCACATGTTATCCATCACCGAACGTTGTAATACCAGGTTTAACTCCTGGTGTACCATCGAAATACCa < 2:1614469/286‑1 (MQ=255) tctTTTTCGGTTAACGAAGAAGTCGGTTCATCCATAATCACAATTTTCGCGT‑TATAGGAAAACGCTTTGGCGATTTCGATCATCTGCATTTGCGAAACGGATAATGTGCCGACGCGCGCACGCGGATCGATATCAATATCCAGTTCGTCAAAAATCGCTTTGGTTTCGCGGTACATTTTGTCCTGATCGACAAACATGCCTTTGGTTGGATATCGCCCCAGCCACATGTTATCCATCACCGAACGTTGTAATACCAGGTTTAACTCCTGGTGTACCATCGAAATACCAt > 2:819526/1‑289 (MQ=255) tctTTTTCGGTTAACGAAGAAGTCGGTTCATCCATAATCACAATTTTCGCGT‑TATAGGAAAACGCTTTGGCGATTTCGATCATCTGCATTTGCGAAACGGATAATGTGCCGACGCGCGCACGCGGATCGATATCAATATCCAGTTCGTCAAAAATCGCTTTGGTTTCGCGGTACATTTTGTCCTGATCGACAAACATGCCTTTGGTGGGATATCGCCCCAGCCACATGTTATCCATCACCGAACGTTGTAATACCAGGTTTAACTCCTGGTGTACCATCGAAATACCAt > 1:1780891/1‑289 (MQ=255) 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ggTGTACCATCGAAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACCATATAAtt > 2:1101306/1‑289 (MQ=255) gtACCATCGAAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACCATATAATTTTa < 1:1002435/289‑1 (MQ=255) ||| CTCTTTTTCGGTTAAGCTAGAAGTCGGTTCATCCATAATCACAATTTTCGCGT‑TATAGGAAAACGCTTTGGCGATTTCGATCATCTGCATTTGGCTAACGGATAATGTGCCGACGCGCGCACGCGGATCGATATCAATATCCAGTTCGTCAAAAATCGCTTTGGTTTCGCGGTACATTTTGTCCTGATCGACAAACATGCCTTTGGTGGGATATCGCCCCAGCCACATGTTATCCATCACGCTACGTTGTAATACCAGGTTTAACTCCTGGTGTACCATGCTAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTGCTTTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTACTGCTGACCATATAATTTTA > CP042583/1813681‑1814241 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |