Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,824,942 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,824,942 | 0 | A | T | 99.6% | 558.4 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/107); minor base C (0/1); total (131/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,824,943 | 0 | G | C | 98.7% | 546.6 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (129/106); total (131/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,824,944 | 0 | C | G | 99.6% | 557.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (131/107); total (131/108) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GACGAATATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCAGCCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGGCTTGCTTCCTGGGGCAGAAAGTGTTTGGTCTGGATAAGCACACCAGCTGGTTGATCGGTGCCGGTAGCAGTATCTGTGGTGCTGCCGCGGTACTGGCGACTGAGCCGGTAGTGAAAGCGGAAGCCAGTAAAGTAACCGTGGCTGTTGCAACCGTTGTTATCTTCGGGACCGTCGCGATTTTCCTCTACCCGGCGATATATCC > CP042583/1824662‑1825216 ||| cGAATATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTg > 2:844030/1‑288 (MQ=255) aaTATCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCg > 2:19652/1‑289 (MQ=255) atatCACCTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGa > 1:1427316/1‑289 (MQ=255) ccTTACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCgg > 1:1782605/1‑289 (MQ=255) ttACAGAAACAACATCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTa < 2:1427316/289‑1 (MQ=255) caacaTCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGa > 1:1133322/1‑289 (MQ=255) caacaTCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGa > 2:372193/1‑289 (MQ=255) caacaTCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGa > 1:1259648/1‑289 (MQ=255) caacaTCGTACACTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGGATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGGTCTCGCCAATTTCCGAGGTCGTTATTCGTgggg > 2:931208/1‑288 (MQ=255) acTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGAc > 2:490296/1‑289 (MQ=255) acTGTGGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCACGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCATCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCCTTGAc > 1:364797/1‑289 (MQ=255) tgtgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGat < 2:1761377/277‑1 (MQ=255) tgtgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgt > 1:1662128/1‑289 (MQ=255) gtgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtg > 1:553330/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTa > 2:802000/1‑265 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTAt < 1:694366/266‑1 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGAtcatca < 1:170902/280‑1 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGCCgtgt > 2:774105/1‑289 (MQ=255) tgGCATTTTATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACgtgt > 1:628961/1‑289 (MQ=255) 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ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGTGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTTCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:1156541/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:191055/289‑1 (MQ=255) ttttATTCCGGGGTTAGCCCTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACg < 1:490296/289‑1 (MQ=255) 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ccTGAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCct < 1:1237947/288‑1 (MQ=255) gAGTGCAGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCctgctg > 1:1462486/1‑289 (MQ=255) aGTTATCACCGGGGTCGCCCTGTGGGGTGGTTCCATTCCCGCGGTTGCGGGTGCCGGGTTTAGTGCCCTCACCCTCGCAATCTTGTTGGGGATGGTTTTAGGCAACACCATCTATCCGCACATCTGGAAAAGCTGTGACGGTGGTGTGCTGTTTGCCAAGCAATATTTATTACGTCTGGGTATCATTCTTTATGGCTTCCGTCTGACGTTCTCGCAAATTGCCGATGTCGGTATCAGTGGGATCATCATTGACGTGTTGACGCTGTCCAGTACCTTCCTGCTGgcttg < 2:1411799/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |