| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,825,494 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,825,494 | 0 | A | T | 98.5% | 627.9 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (119/147); minor base G (1/3); total (121/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,825,495 | 0 | G | C | 99.3% | 632.2 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (119/150); total (121/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,825,496 | 0 | C | G | 98.9% | 622.5 / NA | 272 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (118/149); total (121/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CCGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACAGCTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAGGAGTCCTCGC > CP042583/1825215‑1825782 ||| ccGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCAcc < 1:658958/289‑1 (MQ=255) gCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCCCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGCGCAAAGCAAAATCACCATTCCGTGGTTGGCCATCTTGTTCCTCTGAGTTCCCATCTTGAACTCCTTCCa > 2:691831/1‑285 (MQ=255) ggATGGCTTAATGGTTTAGTCCGGGAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGt < 2:1951473/287‑1 (MQ=255) gTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCg < 1:1021123/289‑1 (MQ=255) ctcAATGGTTTAGTCCGGAAACTTCCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCa < 1:389665/289‑1 (MQ=255) gTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgt < 2:1180457/288‑1 (MQ=255) tttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCa > 2:297742/1‑281 (MQ=255) tttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtg < 1:1056074/288‑1 (MQ=255) tttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtg < 2:1371175/288‑1 (MQ=255) ttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCCTGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtggt > 1:1669051/1‑289 (MQ=255) cGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACGGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACAt < 1:917823/289‑1 (MQ=255) gAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCAcc < 1:494019/262‑1 (MQ=255) gAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACAt > 1:1161048/1‑287 (MQ=255) ttggtgattttcATTGGTTCTGATGTGCCCGAAGTGTGGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCATAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTaa < 2:673818/278‑1 (MQ=255) cGGTTTCTACATTGGTTCTGCGGTGGACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACg < 2:979071/289‑1 (MQ=255) gTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGc < 2:79985/288‑1 (MQ=255) tCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCctg < 2:618687/288‑1 (MQ=255) tgCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAat > 2:62830/1‑289 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 1:1536494/1‑289 (MQ=255) gCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 1:221957/1‑289 (MQ=255) cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCActgg > 1:1487899/1‑289 (MQ=255) cACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatg > 1:38638/1‑288 (MQ=255) aGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTTTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACCGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGACCATGCTGGTAACTCTTGCTACCTTCCTGCTGGCActggcgatg > 1:1744587/1‑289 (MQ=255) ggCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATGTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatggcgatgg < 1:1914563/287‑1 (MQ=255) cgcAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCCGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACCCTTGATACCTTCCTGCTTGCAATCGCGATggcgg > 2:1120256/1‑288 (MQ=255) aGGTGGTGGCGGAAGGTCATGCCCTCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTGATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGTAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGgcgc < 2:1134180/288‑1 (MQ=255) gtggtgGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAatggcgatggc < 1:1905108/281‑1 (MQ=255) gtggtgGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTgg > 1:812060/1‑289 (MQ=255) tggCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTggg > 1:311938/1‑286 (MQ=255) ggcggcAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTg > 1:1351408/1‑289 (MQ=255) cAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGACAACGCAGCAGTTATTTACAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGGGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATGTTTTTCATCGTAGTTGCCAGCTTTAACTCGTGCCACCTGTTACCGCATAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACTCTGGATACCTTCCTGCTTGCAAGGGCTGGGGCGGCGGGGGGTCTgccta > 2:386844/1‑284 (MQ=255) 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tAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAACAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCCCTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCCTAAACCACTACATCTTTCTCCTGTTCACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCATCgg > 2:1287379/1‑287 (MQ=255) tAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGt > 1:1252825/1‑289 (MQ=255) aGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGt < 2:1728060/288‑1 (MQ=255) aTCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGTCGCTGGGTCTGACAA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGCTGGCCCTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCCACTGTTAACCAGCCACTATTACCGTTTTCCTCCAACGGGTTTAACAgg > 2:1317049/1‑289 (MQ=255) aTCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAgg > 1:88005/1‑289 (MQ=255) aTCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAgg > 2:1002124/1‑289 (MQ=255) ||| CCGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTTCCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACAGCTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCA‑CTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAGGAGTCCTCGC > CP042583/1825215‑1825782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |