Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,833,328 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,833,328 | 0 | G | C | 100.0% | 486.3 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (89/120); total (89/120) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,329 | 0 | C | G | 99.5% | 483.4 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (87/120); total (89/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,330 | 0 | T | A | 98.6% | 474.1 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (85/119); minor base C (2/1); total (89/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAA > CP042583/1833051‑1833606 ||| tCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGTCCTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGtt > 2:289224/1‑289 (MQ=255) tCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGtt > 2:5735/1‑289 (MQ=255) tCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGtt > 2:438235/1‑289 (MQ=255) cACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATCACGTTg > 2:250978/1‑289 (MQ=255) 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aGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGAATCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAAtcga > 1:1857383/1‑286 (MQ=255) tAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAAtcgaaa > 2:1847797/1‑284 (MQ=255) ttCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAAtcgataaat < 1:1089432/289‑9 (MQ=255) cAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTCATTCAGACATTCTGCGTTCTCAACTAACTATATAACGTTGGCAATTGATAAATCg > 2:1294224/1‑289 (MQ=255) cttcttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTa < 2:1557804/289‑1 (MQ=255) cttcttTCCTTAACCCCCCTGTCATCACACCGCCAATAA‑TGGCGATCGTTGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGTATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTACTTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTa < 2:1370686/289‑1 (MQ=255) cctcttTGCCTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAT‑TGGCGATCGTGGCAAGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTATGCGTTCTCCGCTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTa < 1:587290/287‑1 (MQ=255) ttcttTGCTTAACCCCCCTTTCTACA‑GCCGGCAATAATTGGCG‑TCGTGGGAGGTTAAGCGGCCTGTTTACGGATAGGTTCTTTAAATTCAATTGGCGGCTGGGCATTTTGTTGGAACGGCATTCCGTGAGAAATAATGGGTGATTT‑CAGGGGCACAACCCGGTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTAtt < 2:1314877/289‑1 (MQ=255) tcttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGTTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTTGCAATTGATAAATCGGGGGTagt > 2:519713/1‑287 (MQ=255) tttcTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAC‑ATGCCTTCGTGTCAGGTACCGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTATTCACCTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGCAACGGCATCCCCTGAGCACTAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCCGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCAGCGAAATTTGTAATAATTCAGAGGAAATTTTTCATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgt < 2:382991/286‑1 (MQ=255) ttGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgt < 2:1515095/289‑1 (MQ=255) ttGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgt < 1:104324/289‑1 (MQ=255) 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ccccACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGCACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑TGTAGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGGTTCTTAAAGCGTCCCGCACTTCCGGGGAAATTTGTCATCATTCCGGGGACATTTTCAATTCAGACATCCCGCTTTCTCCACTAACGATCTAACGTTCGCAATCAAAAAAACGGGGGTTTTGGCGTAtttca > 2:1769980/1‑286 (MQ=255) cTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGgag > 2:1210886/1‑289 (MQ=255) cTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGGTGTAATCACAGgag > 1:34549/1‑289 (MQ=255) 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cAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCAttgacgaa < 1:532342/289‑8 (MQ=255) aTCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgtgt < 1:172227/252‑1 (MQ=255) aTCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgtgt > 2:172227/1‑252 (MQ=255) 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TCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAA‑TGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAAT‑GGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAA > CP042583/1833051‑1833606 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |