Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,833,955 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,955 | 0 | G | C | 100.0% | 609.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,833,956 | 0 | C | G | 99.6% | 608.7 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (148/108); minor base A (1/0); total (149/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,833,957 | 0 | T | A | 99.2% | 616.9 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (148/108); minor base C (1/1); total (149/109) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGCTTGAGAGTGTGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCGCTAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCA‑GGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCG > CP042583/1833677‑1834236 ||| cGGTTTGGCTTGGAGGTGTGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACCTTTCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTAttt < 2:649725/288‑1 (MQ=255) 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ttCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCg > 2:179413/1‑289 (MQ=255) cgaaaCCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCA‑g < 1:833878/285‑1 (MQ=255) aaCCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCA‑gcgat < 1:457617/289‑5 (MQ=255) 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CGGTTTGGCTTGAGAGTGTGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCGCTAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCA‑GGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCG > CP042583/1833677‑1834236 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |