Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,834,204 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,834,204 | 0 | G | C | 99.6% | 553.2 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,834,205 | 0 | C | G | 100.0% | 549.8 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (88/146); total (88/146) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,834,206 | 0 | T | A | 100.0% | 559.2 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (88/146); total (88/146) |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
ACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGAC‑ATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGTTTAAACATGTGTTCATATTTAAACATGTGCTCATAGTATGCATGTTTTACGTAAAGTAAATTACCGCCAGAGAGGCAAAATGGGCAGATTTGAGCAGGCTCACAAAATGCGATTAAATGCCTGAATTACAAAAGCGAGGAATTTGTGACGGGATGCACAGAACAGAAC > CP042583/1833925‑1834475 ||| ccGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGAC‑ATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATaa > 2:1610665/1‑289 (MQ=255) 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aaTAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGAC‑ATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTACGACATAATCCTTTTcgcg < 2:123911/289‑1 (MQ=255) ataactcgacGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGAC‑ATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCgcgc < 2:1893674/280‑1 (MQ=255) aactcgacGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGAC‑ATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCGGCGACATCAATATTCGCCGAACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCAt < 1:1517789/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |