Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,842,112 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,842,112 | 0 | A | T | 99.6% | 584.4 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,842,113 | 0 | G | C | 99.6% | 581.9 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/122); minor base T (0/1); total (123/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,842,114 | 0 | T | A | 99.2% | 582.7 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/121); minor base G (0/2); total (123/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AGAGCACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAAAGTCTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCAGTGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCATACATCAGGGGCGCGAAACGGACTGGAGCTTGCTGGCATTAGGCGT > CP042583/1841832‑1842392 ||| cACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGccc > 1:1054742/1‑289 (MQ=255) cACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGccc > 1:1738591/1‑289 (MQ=255) accGTCAGTTTTCCCGGAACCATGGTCGACCGCATGTTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGcc < 2:745780/286‑1 (MQ=255) aCGTCAGTTTTCCGTGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGcc < 1:97941/287‑1 (MQ=255) 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ccGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGAtt < 2:1848495/289‑1 (MQ=255) ccGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGAtt < 1:1949476/289‑1 (MQ=255) ccGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGAtt < 1:1660565/289‑1 (MQ=255) cagggAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCACACGACGAATCACTGGGTGAAAGCAGCCAGCATCTGGGGGTGAAGGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGAtt < 2:1132024/287‑1 (MQ=255) cGGGAACCATGGTCGTCCGCAGTGTTCCGGCTGCACCCGCCGAATCACCGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGTTCACTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGAtt < 2:1517713/288‑1 (MQ=255) cGCATTGTTCCAGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCAt > 1:730929/1‑289 (MQ=255) gCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCAAGCAGGATCGCGCAtt < 1:1458972/289‑1 (MQ=255) cATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCAttt > 2:566278/1‑289 (MQ=255) ccGGCTGCAACCGACGAATCACTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCAt > 1:291861/1‑288 (MQ=255) 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aaTCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACACTa > 1:1302473/1‑274 (MQ=255) agccagcATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATtgcatg < 1:1740663/234‑1 (MQ=255) gccagcATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGcc > 1:1508035/1‑289 (MQ=255) 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aaTGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTaaa < 1:66556/288‑1 (MQ=255) ccTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTAGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGACACTCTTTTATCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGa > 1:1797630/1‑289 (MQ=255) gcgcGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGAttt > 2:1085506/1‑289 (MQ=255) gcgcGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGAGGATCAAGCGCAGCCACTTCAAATTAAAGATTTCGAtta > 2:1264532/1‑288 (MQ=255) gcgATTAGCTTCGAACCGTTTTTCCAGT‑GGGTGGTGGAAGAGAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTa < 2:493208/288‑1 (MQ=255) gcgATTAGCGGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCTCAGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTa < 2:720319/288‑1 (MQ=255) 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AGAGCACGTCAGTTTTCCGGGAACCATGGTCGACCGCATTGTTCCGGCTGCAACCGACGAAAGTCTGGTGGAAATCAGCCAGCATCTGGGGGTGAATGATCCCTGCGCGATTAGCTGCGAACCGTTTATCCAGT‑GGGTGGTGGAAGATAACTTCGTCGCTGGGCGTCCTGCCTGGGAAGTCGCAGGTGTACAAATGGTGAATGATGTCC‑TGCCATGGGAAGAGATGAAACTGCGGATGCTTAATGGCAGCCACTCTTTTCTCGCTTATCTGGGTTACCTCAGTGGATTCGCCCATATCAGTGATTGCATGCAGGATCGCGCATTTCGCCATGCCGCCAGAACATTAATGCTGGATGAGCAAGCGCCGACACTGCAAATTAAAGATGTCGATTTAACACAATATGCGGATAAGTTAATTGCACGTTTTGCTAATCCGGCGCTGAAACATAAGACCTGGCAAATCGCGATGGATGGCAGCCAGAAATTACCGCAACGCATGCTGGCAGGTATTCGCATACATCAGGGGCGCGAAACGGACTGGAGCTTGCTGGCATTAGGCGT > CP042583/1841832‑1842392 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |