Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,844,472 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,844,472 | 0 | A | T | 99.6% | 550.4 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,473 | 0 | G | C | 100.0% | 557.0 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (108/126); total (108/126) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,474 | 0 | T | A | 99.6% | 558.9 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (107/126); minor base C (1/0); total (108/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTAGCATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAAAGTCTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTCACAGTAATTAACATCATCAGGGTTATTTTTATAGTGAGGATAATCCTGATGATGCGCACCGTGCTTTCATCTATCGAACGCAAAAATCATTCTCTAAGTAAATGAATGGATTGCATGCGTTTCACTCAATTGTACTTTAATTGACCAACCCCGCTTATTAACTTTCTGTATCACTTTTTCTTATAAAAAATCATGTAAAACCGCTCGCCAAGACCGCACCAATCGGGTAATCTCGA > CP042583/1844194‑1844749 ||| ctctctGTTCCCACGAAAGATGCCTCACGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTTCGGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTTCGATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGaa > 1:1418004/1‑289 (MQ=255) 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tAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTTCGGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTTCGATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTcaca < 1:1696106/289‑1 (MQ=255) tAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTTCGGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTTCGATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTcaca < 2:1117015/289‑1 (MQ=255) tAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTTCGGCATTCATGTGGCGTTATTTCGGCAAAGTTGCAGGCCTTATCGCCCTTATTATTTTTGTGGTTTTTGCATTTCCCAGAGTAATGATTGGCGCACACTGGTTTACTGACATCATTGTCGGTTCGATGACCGTGATATTGATCGGTTTGCCCTGGGTGTTGCTGACGCCATTAAGTGATCGATTAATCACCTTTTTTGACAAATCACTACCAGGAAAAAACAAACATTTCCAAAACAAATAACTaaca > 2:887940/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |