| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,849,869 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,849,869 | 0 | A | T | 99.6% | 552.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (98/137); total (99/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,849,870 | 0 | G | C | 99.6% | 548.4 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (97/137); minor base T (1/0); total (99/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,849,871 | 0 | T | A | 99.2% | 560.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/137); minor base C (2/0); total (99/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TCGCAAAGCTGTTTATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATAGCCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACAGTTTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCT > CP042583/1849589‑1850149 ||| tCGCAAAGCTGTTTATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCtt > 1:663143/1‑289 (MQ=255)tCGCAAAGCTGTTTATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCtt > 1:199252/1‑289 (MQ=255) tggttATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTGTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAg < 1:624908/284‑1 (MQ=255) tataGTGGGAGCCGCCTTGCCGTCTGGCGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCgca < 2:1900213/289‑1 (MQ=255) taATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCgcaag < 1:1398873/289‑1 (MQ=255) tGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTTCTTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGTCATATCACGCTGCCGGTTCTGGCGACAGTGATTGGTTGTTTTGCGGCTCTGCCCATGCTGACAAAAAACTCCTTCCTTGCTGAATTCCgcacgcaa > 2:445202/1‑289 (MQ=255) tGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCgcaagcaa < 1:103993/289‑1 (MQ=255) tGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCgcaagcaa < 1:971414/289‑1 (MQ=255) tGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCgcaagcaa > 1:240367/1‑289 (MQ=255) gggAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCCTCATCGGCTACGTCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCgcaagcaa < 1:1901276/288‑1 (MQ=255) 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gAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATAc > 2:1889532/1‑289 (MQ=255) cGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATTCTGACAAAAAACTCCTTCCTTGCTGAAATGCGCAAGCCAtcaggtg > 2:1381367/1‑283 (MQ=255) aCGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACcgc > 1:1362955/1‑289 (MQ=255) aGTAGCGCATTTATCCTCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCg < 1:254711/288‑1 (MQ=255) aGTAGCGCAGTTATCTGCATTGGCGACGCCATTCCGGCCGTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTGCGCGGGCGGCAGCGATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTTGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACAATGCTGACAAAAAACTCAGTCCTTGATGAAGGGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCg < 2:1116380/288‑1 (MQ=255) ttAGCTCATTTATCATCATCGGCTTCGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTCTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTTGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGaa < 1:1643716/288‑1 (MQ=255) ttggtcATTTATCGTCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGaa < 2:664150/283‑1 (MQ=255) tAGCGCCTTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGaa < 2:1178710/288‑1 (MQ=255) cgcATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGCCAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTg > 1:1290462/1‑253 (MQ=255) cgcATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAggg > 1:1575372/1‑289 (MQ=255) cgcATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAggg > 2:658146/1‑289 (MQ=255) cgcATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAggg > 1:527861/1‑289 (MQ=255) 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atcGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAACCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTgcg > 2:1141408/1‑242 (MQ=255) ctgCTACTCCATTCCGGCCTGTTGTTTTGCCATCCCGCTGATTGGCTTCTTCGCGTGCGTCAGCTATTTCGCCCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAat < 2:1292416/287‑1 (MQ=255) ggCTACTCCATTCCGGCCTGTTTGTTTGCCATCCTGCTGTTTGTCTTCTTCGCGGCCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCTGCCTAGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGAGTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTGAAAAAAata < 2:1607027/289‑1 (MQ=255) 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