| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,850,285 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,850,285 | 0 | A | T | 99.1% | 513.7 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,850,286 | 0 | G | C | 98.7% | 509.6 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (125/95); minor base T (1/2); total (127/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,850,287 | 0 | C | G | 98.7% | 507.4 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (124/96); total (127/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCAGTATCAACTTTGCTACCAATAAGCCCTTCCCTTC > CP042583/1850009‑1850559 ||| cATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGGTTTCGTTATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGAttt > 2:112621/1‑289 (MQ=255) 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ttGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGttt < 2:762820/288‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGtt > 1:1042650/1‑289 (MQ=255) atgttttcactcAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGa > 1:171953/10‑289 (MQ=255) 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tcactcAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTa > 1:63225/4‑288 (MQ=255) actcAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGGCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTTTGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGCGTTTGGGTTCTGAACTTAtg > 2:1478253/2‑287 (MQ=255) ctcAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCTTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCTTGTTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGGTGGTTGACCCGCGTATTGATTTTGAGGTACGTTAATGTCGTGACTCAGCCCCGTAAATCACGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATACCCGTCGCGGCCACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGttt < 1:525239/271‑1 (MQ=255) 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aaCCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGATGGAAAATAACGGCGGGGTACGGTGGGCCTCGATTCCCGTTGGTGCTACCAGTATCTACTTTGCTAACAATAACcccttc > 2:1542905/1‑288 (MQ=255) tCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCAGTATCAACTTTGCTACCAATAAGCccttcccttc > 1:1642955/1‑288 (MQ=255) tCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCGGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCCCTGGCAAGTCAGGCTGATTACCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTCATGTGGGCCCCGATTCGCTTTGGCGCGACCCATCTCAACTTTGTTATCAATAAGcccttccctct > 2:1401028/1‑286 (MQ=255) ||| CATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATA‑TCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTGGGCACCGATTCGCTTTGGTGCTACCAGTATCAACTTTGCTACCAATAAGCCCTTCCCTTC > CP042583/1850009‑1850559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |