Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,881,777 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,881,777 | 0 | A | T | 99.6% | 605.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,881,778 | 0 | C | G | 99.6% | 591.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (119/136); minor base A (0/1); total (120/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,881,779 | 0 | T | A | 100.0% | 608.8 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (120/137); total (120/137) |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TGCGTAGAAGGAGACGTTTTCCCGCAAAGCATGTCTGGCGCGGCAAGACGGACGGCAAAAGATGCCTGTGGTACGCACGGCGAAAACGAATTCGCCGTCGGCATTCGGGTCGCGGGCTAAGACAGATTGCCAGCGTTGATCGTCAGTTAAGCATGTGGCTTTTTTCATAATCAGCTCCCTGGTTAAGGATAGCCTTTAGGCTGCCCGGTCACCATCACGCAAAAACCAACAATCTTGCGCTTTAATTTTTTTCGCTGACAAG‑GAAGCTTTTAAACTGTGGACTCATCCAGGTTTTAAAGCTATCGCCTTCTTTGGTGATCATATAAACCGCCAGCCCTTCCCGGCGAACAACCTCTTTAGCTTTCTCCGGCCCGAGTACCATCAAGCCAGTATCCCAGGCATCGGCTTCCAGCGCCGTCGGAGCAATCACCGTCACGGATACCAGATTGTGTTCGATGGGACGCCCGGTTTGCGGATCGATAACATGGGAAAGACGTTTGCCGTCCAGTTCGTAATAGTTACGGTAGCTGCCAGAGGTGCTAATCCCATGACCGTTGATAT > CP042583/1881497‑1882057 ||| tGCGTAGAAGGAGACGTTTTCCCGCAAAGCATGTCTGGCGCGGCAAGACGGACGGCAAAAGATGCCTGTGGTACGCACGGCGAAAACGAATTCGCCGTCGGCATTCGGGTCGC‑GGCTAAGACAGATTGCCAGCGTTGATCGTCAGTTAAGCATGTGGCTTTTTTCATAATCAGCTCCCTGGTTAAGGATAGCCTTTAGGCTGCCCGGTCACCATCACGCAAAAACCAACAATCTTGCGCTTTAATTTTTTTCGCTGACAAG‑GAAGCTTTTAAACTGTGGTGACATCCAg > 2:1346898/1‑289 (MQ=255) 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aTGTCTGGCGCGGCAAGACGGACGGCAAAAGATGCCTGTGGTACGCACGGCGAAAACGAATTCGCCGTCGGCATTCGGGTCGCGGGCTAAGACAGATTGCCAGCGTTGATCGTCAGTTAAGCATGTGGCTTTTTTCATAATCAGCTCCCTGGTTAAGGATAGCCTTTAGGCTGCCCGGTCACCATCACGCAAAAACCAACAATCTTGCGCTTTAATTTTTTTCGCTGACAAG‑GAAGCTTTTAAACTGTGGTGACATCCAGGTTTTAAAGCTATCGCCTTCTTTGGTg < 1:79505/287‑1 (MQ=255) aTGTCTGGCGCGGCAAGACGGACGGCAAAAGATGCCTGTGGTACGCACGGCGAAAACGAATGCGCCGTCGGCATTCGGGTCGCGGGCTAAGACAGATTGCCAGCGTTGATCGTCAGTTAAGCATGTGGCTTTTTTCATAATCAGCTCCCTGGTTAAGGATAGCCTTTAGGCTGCCCGGTCACCATCACGCAAAAACCAACAATCTTGCGCTTTAATTTTTTTCGCTGACAAG‑GAAGCTTTTAAACTGTGGTGACATCCAGGTTTTAAAGCTATCGCCTTCTTTGGTg < 1:1616148/287‑1 (MQ=255) gTCTGGCGCGGCAAGACGGACGGCAAAAGATGCCTGTGGTACGCACGGCGAAAACGAATTCGCCGTCGGCATTCGGGTCGCGGGCTAAGACAGATTGCCAGCGTTGATCGTCAGTTAAGCATGTGGCTTTTTTCATAATCAGCTCCCTGGTTAAGGATAGCCTTTAGGCTGCCCGGTCACCATCACGCAAACACCAACAATCTTGCGCTTTAATTTTTTTCGCTGACAAG‑GACACTTTTAAACTGTGGTGACCTCCAGGCTTTAAATCTATCGCCTTCTTTg > 2:1320681/1‑282 (MQ=255) 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ttttAAACTGTGGTGACATCCAGGTTTTAAAGCTATCGCCTTCTTTGGTGATCATATAAACCGCCAGCCCTTCCCGGCGAACAACCTCTTTAGCTTTCTCCGGCCCGAGTACCATCAAGCCAGTATCCCAGGCATCGGCTTCCAGCGCCGTCGGAGCAATCACCGTCACGGATACCAGATTGTGTTCGATGGGACGCCCGGTTTGCGGATCGATAACATGGGAAAGACGTTTGCCGTCCAGTTCGTAATAGTTACGGTAGCTGCCAGAGGTGCTAATCCCATGACCGtt > 2:1889762/1‑289 (MQ=255) tttAAACTGTGGTGACATCCGGGTTTTAAGACGATCGCCTTCTTTGGTGATCATATAAACCGCCAGCCCTTCCCGGCGAACAACCTCTTTAGCTTTCTCCGGCCCGAGTACCATCAAGCCAGTATCCCAGGCATCGGCTTCCAGCGCCGTCGGAGCAATCACCGTCACGGATACCAGATTGTGTTCGATGGGACGCCCGGTTTGCGGATCGATAACATGGGAAAGACGTTTGCCGTCCAGTTCGTAATAGTTACGGTAGCTGCCAGAGGTGCTAATCCCATGACCGTTg < 2:1087307/289‑1 (MQ=255) tttAAACTGTGGTGACATCCAGGTTTTAAAGCTATCGCCTTCTTTGGTGATCATATAAACCGCCAGCCCTTCCCGGCGAACAACCTCTTTAGCTTTCTCCGGCCCGAGTACCATCAAGCCAGTATCCCAGGCATCGGCTTCCAGCGCCGTCGGAGCAATCACCGTCACGGATACCAGATTGTGTTCGATGGGACGCCCGGTTTGCGGATCGATAACATGGGAAAGACGTTTGCCGTCCAGTTCGTAATAGTTACGGTAGCTGCCAGAGGTGCTAATCCCATGACCGTTg < 1:1229680/289‑1 (MQ=255) ||| TGCGTAGAAGGAGACGTTTTCCCGCAAAGCATGTCTGGCGCGGCAAGACGGACGGCAAAAGATGCCTGTGGTACGCACGGCGAAAACGAATTCGCCGTCGGCATTCGGGTCGCGGGCTAAGACAGATTGCCAGCGTTGATCGTCAGTTAAGCATGTGGCTTTTTTCATAATCAGCTCCCTGGTTAAGGATAGCCTTTAGGCTGCCCGGTCACCATCACGCAAAAACCAACAATCTTGCGCTTTAATTTTTTTCGCTGACAAG‑GAAGCTTTTAAACTGTGGACTCATCCAGGTTTTAAAGCTATCGCCTTCTTTGGTGATCATATAAACCGCCAGCCCTTCCCGGCGAACAACCTCTTTAGCTTTCTCCGGCCCGAGTACCATCAAGCCAGTATCCCAGGCATCGGCTTCCAGCGCCGTCGGAGCAATCACCGTCACGGATACCAGATTGTGTTCGATGGGACGCCCGGTTTGCGGATCGATAACATGGGAAAGACGTTTGCCGTCCAGTTCGTAATAGTTACGGTAGCTGCCAGAGGTGCTAATCCCATGACCGTTGATAT > CP042583/1881497‑1882057 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |