Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,885,287 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,885,287 | 0 | A | T | 99.7% | 672.9 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/140); minor base A (1/2); total (141/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,289 | 0 | T | A | 100.0% | 677.9 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (141/142); total (141/142) |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTT > CP042583/1885007‑1885568 ||| aaGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTg < 2:726910/288‑1 (MQ=255) 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tcgaCCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATa > 2:1521343/4‑289 (MQ=255) gACATTGTTGATTCACGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATc < 1:1062111/288‑1 (MQ=255) ||| CGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACCGTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTT > CP042583/1885007‑1885568 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |