| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 531,313 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 531,313 | 0 | A | T | 99.3% | 642.8 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 531,314 | 0 | C | G | 99.2% | 620.4 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (117/148); minor base A (1/1); total (120/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 531,315 | 0 | T | A | 99.2% | 623.8 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (119/146); minor base G (1/1); total (120/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
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accacTTCTGCCGAAAATGTTGAGAAGGTTGTTAGACCGCCACAAAATCCGGTGGTGATTAATACTTTC‑‑CACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCGATCAGGTTTGCTGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGATGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCCATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTa < 1:1207493/289‑1 (MQ=255) cacTTCTGCCGAAAATGTTGAGAAGGTTGTTAGACCGCCACAAAATCCGGTGGTGATTAATACTTTC‑‑CACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGCTGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGATGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCCATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATg < 1:680606/289‑1 (MQ=255) acTTCTGCCGAAAATGTTGAGAAGGTTGTTAGACCGCCACAAAATCCGGTGGTGATTAATACTTTC‑‑CACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGCTGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGATGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCCATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGa < 1:1661221/289‑1 (MQ=255) ||| CTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTAGTGTGCGGTACTGGCGCTAAACAGCCAGAATGCCAGTGCGGTCATGGCAAAAGACCCCAGAAGGTTGACGAAAACGTTCAGTAATGCCCAGCCAAAGCGGCCCTCTTGTAACAAAAACACCACTTCTGCGCTAAATGTACTGAAGGTTGTTAGACCGCCACAAAATCCGGTGGTGATTAATACTTTC‑‑CACACTGGATCAATGTTCGTCATCCTGCTGAACCATGCGAATCCTATTCCTATGATGAATGCCCCAATCAGGTTTGCTGTCAGCGTCCCCAACGGAATCGCCTGATGCAGTGGGTTAAATCGCATACTTAACAGCCATCTCGCCACGCTTCCCGTACCACCGCCAATAAAAACTGCTAAAAGAAGTTGTAACACTGCAAAATCCTGCTATTTGATTTGTATGA > CP042583/531036‑531584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |