Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,894,931 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,894,931 | 0 | A | T | 99.7% | 698.7 / NA | 293 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (163/129); total (164/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,932 | 0 | G | C | 99.3% | 684.3 / NA | 293 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (164/126); minor base A (0/2); total (164/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,894,933 | 0 | T | A | 98.3% | 682.5 / NA | 293 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (159/128); minor base C (5/0); total (164/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCTATCAACTT > CP042583/1894651‑1895212 ||| tCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTTCACATATc > 1:622304/1‑289 (MQ=255) 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TCCCCTTGCTATTGCCTGACTGTACCCACAACGGTGTATGCAAGAGGGATAAAAAATGAAAACAAAATTGATGACATTACAAGACGCCACCGGCTTCTTTCGTGACGGCATGACCATCATGGTGGGCGGATTTATGGGGATTGGCACTCCATCCCGCCTGGTTGAAGCATTACTGGAATCTGGTGTTCGCGACCTGACATTGATAGCCAATGATACCGCGTTTGTTGATACCGGCATCGGTCCGCTCATCGTCAATGGTCGAGTCCGCAAAGTGATTGCTAGTCATATCGGCACCAACCCGGAAACAGGTCGGCGCATGATATCTGGTGAGATGGACGTCGTTCTGGTGCCGCAAGGTACGCTAATCGAGCAAATTCGCTGTGGTGGAGCTGGACTTGGTGGTTTTCTCACCCCAACGGGTGTCGGCACCGTCGTAGAGGAAGGCAAACAGACACTGACACTCGACGGTAAAACCTGGCTGCTCGAACGCCCACTGCGCGCCGACCTGGCGCTAATTCGCGCTCATCGTTGCGACACACTTGGCAACCTGACCTATCAACTT > CP042583/1894651‑1895212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |