Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 532,322 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 532,322 | 0 | A | T | 99.0% | 233.2 / NA | 100 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 532,323 | 0 | G | C | 99.0% | 232.4 / NA | 100 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (52/47); minor base A (1/0); total (53/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 532,324 | 0 | T | A | 100.0% | 235.5 / NA | 100 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (53/47); total (53/47) |
TTACTGGAGGTGGAAGGGATGAAGGTCGGTCTGATGACCTGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGAGTACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGAGTGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTAAACAACCGTCGCTTTGCGCCGCCGCAATTATTATGATGTTTTTTTACTCGGCGCTTGATTCACCTTGTTACAGATTGCTATTGTGTGCGCGCGTCGAATGACCGTTAATATTCTCTGGTTTTTAAGGCGCGTTCTGTTGCCGGTTATATGTCAAGAAGGTATCTATGGGTGAGATTAGTATTACCAAACTGCTGGT > CP042583/532046‑532595 ||| gtACTGGTGGTGGATGGGCGGAAGGGCTGTCTTATGCCCTGTTATGCCTTACCCTTTCCAGAGCGGGCGCTGGCATATGCAATACAGGGAGCTGAAGTCCTTGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGGTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCt < 2:863124/287‑1 (MQ=255) aCTGGAGGTGGAAGGGATGAAGGTCGGTCTGATGACCTGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCa < 2:818625/289‑1 (MQ=255) gggggTGGAAGCGATGAGGGTCGGTCGGTTGACCTGTTATGTCTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACt < 2:131441/285‑1 (MQ=255) ggTGGAAGGGATGAAGGTCGGTCTGATGACCTGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGCTTATGGATCCCTTTGGCGTCCCCATTTGGGCACGGTCACAACTGCCTGCACGCAtt > 2:1881884/1‑289 (MQ=255) ggtcTGATGACCTGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCg > 1:965654/1‑289 (MQ=255) tttgatgaACGGTTAGGACGTAAGCGTTGCGGGGCTGGGGCTGGACCGGGAATTCCAGGGGGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGa < 2:1271539/286‑1 (MQ=255) tgaCCTGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACgtg < 2:694645/288‑1 (MQ=255) taCCTGGTTTGACTTACGCGTTACAGCGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCGTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGtgtg < 2:1749355/288‑1 (MQ=255) tGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTAACGCCCGAACGTGTGCGTc > 1:500093/1‑289 (MQ=255) ttACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACgtg < 2:246080/274‑1 (MQ=255) ttACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACgtg > 1:246080/1‑274 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGGGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGGTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:218377/1‑289 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTTCGGCAGGTgcgcgcg > 1:910818/1‑288 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:289970/1‑289 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:833283/1‑289 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:872334/1‑289 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTgcgcgcgc > 1:1858188/1‑289 (MQ=255) cGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGCTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAAc > 1:1264965/1‑268 (MQ=255) tCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACt > 1:995350/1‑288 (MQ=255) 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gagatCTCGCCCTGGCACAGGCATTACAGGGATCTGAAATCCTGGTAGTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAATAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGcc < 2:401826/288‑1 (MQ=255) agCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCg < 2:992575/288‑1 (MQ=255) gcgctggcACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTaa > 1:946178/1‑289 (MQ=255) 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gAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACgtg < 2:485158/234‑1 (MQ=255) gAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACgtg > 1:485158/1‑234 (MQ=255) gAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGTCAACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTAAACAACCGTCGCTTTGcgccgcc > 1:699410/1‑289 (MQ=255) 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aCCATTGCGGCAGCGTCAGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTAAACAACCGTCGCTTTGCGCCGCCGCAATTATTATGATGTTTTTTTACTCGGCGCTTGATTCACCTTGTTACAGATTGCTATTGTGTGCGCGCGTCGAATGACCGTTAATATTCTCTGGTTTTTAAGGCGCGTTCTGTTGCCGGTTATATGTCAAGAAGGTATCTATGGGTGAGATTAGTATTACCAAACTGCTGGt > 1:1866502/1‑289 (MQ=255) ||| TTACTGGAGGTGGAAGGGATGAAGGTCGGTCTGATGACCTGTTATGACTTACGCTTTCCAGAGCTGGCGCTGGCACAGGCATTACAGGGAGCTGAAATCCTGGTACTTCCTGCCGCCTGGGTTCGCGGGCCGCTCAAAGAGCATCACTGGAGTACGTTGCTTGCCGCTCGTGCGCTGGATACCACCTGTTATATGGTGGCGGCGGGGGAGTGCGGGAACAAAAATATCGGTCAAAGCCGGATTATAGATCCCTTTGGCGTCACCATTGCGGCAGCGAGTGAAATGCCTGCACTCATTATGGCGGAAGTGACGCCCGAACGTGTGCGTCAGGTGCGCGCGCAACTGCCCGTCTTAAACAACCGTCGCTTTGCGCCGCCGCAATTATTATGATGTTTTTTTACTCGGCGCTTGATTCACCTTGTTACAGATTGCTATTGTGTGCGCGCGTCGAATGACCGTTAATATTCTCTGGTTTTTAAGGCGCGTTCTGTTGCCGGTTATATGTCAAGAAGGTATCTATGGGTGAGATTAGTATTACCAAACTGCTGGT > CP042583/532046‑532595 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |