| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,900,898 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,900,898 | 0 | G | C | 99.5% | 444.7 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (105/84); total (106/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,899 | 0 | C | G | 99.5% | 443.5 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (105/83); total (106/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,900,900 | 0 | T | A | 98.4% | 442.2 / NA | 190 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (103/83); minor base G (2/1); total (106/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑ACTACTGCTCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATG > CP042583/1900624‑1901182 ||| tCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAAAAATAAACCTCTTCCGGGGAGGTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCCGCCAGGCGTTAACATACAGTTTCCACAAACACCCTCACGGACGCGGT‑AGGCGGTCAGGTaaag > 2:151602/1‑286 (MQ=255) gtggTCAGAGCACCTAACCACGCCGGGGCCTGACGCTGTTGCCAGTATGGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAGTAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGct < 2:1703573/282‑2 (MQ=255) aGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGctgagact < 1:1137555/289‑8 (MQ=255) agaCGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGt > 2:184010/1‑288 (MQ=255) tAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACg > 1:781905/1‑286 (MQ=255) aatcccGCAGGTGCCTGACGCTATTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGAAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCCGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctg < 2:591003/284‑3 (MQ=255) gCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacg < 1:1322091/289‑9 (MQ=255) tGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgacag > 2:194739/1‑276 (MQ=255) tGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGGGGTGAGCGGGGCAGGCAATGCTGCGACTTTGGTCACGccggatgacgaccg > 2:1924961/1‑276 (MQ=255) gCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATc < 1:319398/289‑1 (MQ=255) gCCAGTATTGCCCCAACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATc < 1:388376/289‑1 (MQ=255) aTTGCCCCCCCACGCCTGCTGCGATCTGCAACCGCTGCGGCGCAAAGTAGAGCCCGCAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGGGCGTTATGCCCTCCCCGGCCTGACAACAATAATCCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTGGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACTAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCGGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGtgct < 2:805242/288‑1 (MQ=255) cccccACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGATG‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTgcgc > 1:513197/1‑288 (MQ=255) acacaTCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACcgc > 2:73860/1‑288 (MQ=255) caTCTGCGCCACAATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCGCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGAACCTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGCGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcag < 1:1952831/289‑1 (MQ=255) tCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCa > 2:1626649/1‑279 (MQ=255) tCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCa < 1:1626649/279‑1 (MQ=255) tcagcCAATATGAAACCGTTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCAcc < 1:1478765/286‑1 (MQ=255) tGCGCCAACATGCAACCGATGCGGAGAAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGAGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCGTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagca < 2:1527371/287‑1 (MQ=255) 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atatGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGCCG‑ACAGCTGATACAGTTGTTCGTGGTGTGCACCGCGCAGCCACAGtgtga > 2:900344/1‑285 (MQ=255) aCCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCT‑ACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtc < 1:1014518/289‑1 (MQ=255) cTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgac < 1:603738/232‑11 (MQ=255) 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aaggCCCACAGGAACGTACCGGCGCGGTATCGCGACTTATGCTCGCCCCCGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTgg < 2:267933/286‑1 (MQ=255) gagCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTgg < 2:1453283/288‑1 (MQ=255) caaaaagAACGTACCAACGCGGTATCGCGCCTTATGCACTCCCCCGACTGACAACCAGAAACCTCTGCCGGGGTGTTTCCGGGAACCTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTAGCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTGTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGGGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCGCCGCAAGTGTTGGCagag < 2:634302/283‑1 (MQ=255) 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tggtgAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCaa > 1:271558/1‑289 (MQ=255) tggtgAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCaa > 1:853216/1‑289 (MQ=255) ||| TCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGG‑CGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑ACTACTGCTCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATG > CP042583/1900624‑1901182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |