Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,900,913 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,900,913 | 0 | A | T | 99.0% | 458.1 / ‑6.1 | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,914 | 0 | C | G | 99.5% | 460.4 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (108/84); minor base T (1/0); total (109/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,915 | 0 | T | A | 99.0% | 447.4 / NA | 193 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (108/81); minor base G (0/2); total (109/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
AGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑ACTACTGCTCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAA > CP042583/1900637‑1901189 ||| agaCGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGt > 2:184010/1‑288 (MQ=255) 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cgcCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAg > 1:234327/1‑289 (MQ=255) aaTATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCGGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGTCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGt < 2:725295/289‑1 (MQ=255) atatGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacg < 1:878062/241‑9 (MQ=255) atatGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGCCG‑ACAGCTGATACAGTTGTTCGTGGTGTGCACCGCGCAGCCACAGtgtga > 2:900344/1‑285 (MQ=255) aCCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCT‑ACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtc < 1:1014518/289‑1 (MQ=255) cGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtc > 1:1305099/1‑288 (MQ=255) 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agcgagTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCaaagtg < 1:1866284/283‑4 (MQ=255) gTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCCCTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGGGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCCGCACGAATTGCCCTTTTTGCCAGAAGCGCAGCAAATGGCGGaca > 2:570102/1‑287 (MQ=255) gTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑TGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGaaa > 1:319864/1‑289 (MQ=255) ||| AGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAG‑CCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCC‑ACTACTGCTCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAA > CP042583/1900637‑1901189 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |