Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,912,921 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,912,921 | 0 | G | C | 99.6% | 592.4 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (129/122); total (130/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,912,922 | 0 | C | G | 99.2% | 584.0 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (129/123); total (130/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,912,923 | 0 | T | A | 98.8% | 583.9 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (129/121); minor base G (0/3); total (130/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GTCGGGTCTGGATCAGGTGGGCTTGG‑CGGCGTTACTTCTTGGCTTCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTGCTTGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACGCTGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTAACCGCACCGGACGTATTGGTCAGATTGCCATTAACCGTCACGTTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGACTGGCATTAAGGGCGACGGAAGTATCCT > CP042583/1912643‑1913198 ||| gTCGGGTCTGGATCAGGTGGCGATGG‑CGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATTACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCg > 1:92933/1‑288 (MQ=255) atagggTATGGAGCA‑GTGGGCGTGGTTGGTGTTACTTCTTGCGATCGCAGCTACCTCTAGTTGTTATCTTCCGCCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGGAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCCATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCg < 2:825542/285‑1 (MQ=255) tCAGGTGGCGATGG‑CGGCCTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGCAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCCCCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCg < 1:521527/288‑1 (MQ=255) ggtggcgatGG‑CGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATc < 1:807822/264‑1 (MQ=255) ggtggcgatGG‑CGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATc > 2:807822/9‑272 (MQ=255) ggtggcgatGG‑CGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTa > 2:969704/9‑288 (MQ=255) ggtggcgatGG‑CGGCGTTACTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTa > 2:858167/9‑288 (MQ=255) 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aCTTCTTGCGATCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTAccg > 2:538315/1‑288 (MQ=255) tcttgcgatCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCACCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTAccgccgc < 1:828622/281‑1 (MQ=255) gCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATc < 1:702517/289‑1 (MQ=255) 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gTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTCAACTGCGCATGGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCAGCGAAGCCACCCACTTTATTGCCTGTAGATGTCGGATCACCAACACCTGTAATAGCGTTAACAACCACAGTTGTGTTCCCAGCAGTATTACCGTCGATCACGAATTGCACGCTTACCGAAACATAGACGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTCGCGTACCCGCGCCAGTAAAATCACCATTTAcc > 2:702236/1‑289 (MQ=255) cGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGt < 1:1882250/289‑1 (MQ=255) gtAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCa < 2:340661/289‑1 (MQ=255) cATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTg < 1:893663/289‑1 (MQ=255) tACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGCGTTAACCACCACAGTTGTGTTTCCAGCAGAATTACCTATCAGCACCAATTGATACTCTACCGAGTCATCGACGAGTATACCGCTATGGAGCAGTAGCGGACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTCACGTCTGCGTATGGCGAGCGACGCCATTTGGCa > 2:473741/1‑289 (MQ=255) tACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGGAACGTACCGCCGCCGGGAAAACCACCGTTTCCCGTCAGCGTAACCCCAGCGACGCCATTTTgac > 2:1663896/1‑287 (MQ=255) 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ccATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTaa > 2:1384584/1‑288 (MQ=255) ccATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCCAGCAGTAGCGTACCGCCTCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTTCCGCCAGCCACCCCATTTTTCCGGCCaa > 2:1787421/1‑288 (MQ=255) ttGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACCGAGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTAACCGCAc < 2:1623173/289‑1 (MQ=255) 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GTCGGGTCTGGATCAGGTGGGCTTGG‑CGGCGTTACTTCTTGGCTTCGCAGATACCAGTCGTTGTTATCTTCCACCAGCGTGTAGTCATACGCTCCCATATTGACGTAGCCGCTGCCTGCCAGACTGAACTGCGCATTGTTTTGAAACTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTGCTTGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGGAGTTAACCACCACAGTTGTGTTGCCAGCAGTATTACCGTTCATCACCAATTGATCGCTTACGCTGTCATCGCCGTTTAATTCGCTATCGAGCAGTAGCGTACCGCCGCCGGTATAATCACCGTTTACCGTCAGCGTATCGCCAGCGACGCCATTTTGCAGGCTAACCGCACCGGACGTATTGGTCAGATTGCCATTAACCGTCACGTTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGACTGGCATTAAGGGCGACGGAAGTATCCT > CP042583/1912643‑1913198 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |