| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 535,356 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (139/95); total (139/95) | |||||||||||
| * | CP042583 | 535,358 | 0 | T | A | 99.6% | 557.8 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (139/94); total (139/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TTGCTCACCATAATCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGACTTATTTTAGCCATTTCCATTCCGGCATACCCACAAGGATTAATACGTAAAAATGGACTAAGATCCATATTGACGTTTAATGCCAGACCGTGGAAACTACAACCGCGTCGAATACGTAAACCCAGACTGCAAATTTTCTTTTCCCCAACATAGACACCTGGCGCGTCAGCCCGAGGATGCGCTTCTATACCCAGTTCAGCCAGGGTATTCACCACTGTTTGCTCAAGCAAGGTCACCAGTTCACGCACACCGAGTTTACGGCGTTTCAGGTTAAGC > CP042583/535077‑535632 ||| tGCTCACCATAATCAACTATTTCAATAGGTTAATCAATGGGGTGAGTTACGGAGCAAGGCGTGGCACCGCATTTCTGCAAGTGATAAAGAAAATATACAAACGCGAAGGAGATGTAAAGCATTAGCAGATATTATGAGTAATGACCCAGTGTAAATTGGGCCATTGATGTATGGAATTAAGCGGTAATATATTCGAAGTCCGGATTGTTTAGTAGCGCTAAAATATTTTCCAGTAAACGTGGAGCAATATTATTAGTCGTCGCTTCGGGTTTCCATTGTGATATTTTa > 2:1106754/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |