| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,918,239 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,918,239 | 0 | A | T | 99.6% | 606.6 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,918,240 | 0 | G | C | 99.6% | 609.9 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (123/133); minor base T (1/0); total (124/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,918,241 | 0 | T | A | 100.0% | 612.5 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (124/134); total (124/134) | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCTCCGGGTGCCGGATGCAGCGTG > CP042583/1917960‑1918520 ||| tCCCCGCCTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCACATCTGTAACGCCACTAACGGTATTGAACGGCCGCGCGGTTACGTAAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGTCGATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGTCACGCTTCCCGTCAGGAAAAGTGc < 2:1520772/289‑1 (MQ=255) 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AACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGACGCACAAGACGATCTGGTGCCGAGTATCCAGGACGATGGCTGCGAAAGCGGCGCATGTAAGATCTGATATTGAGATGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACGGCTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCGCCAGCGTCGCATCAGGCTCCGGGTGCCGGATGCAGCGTG > CP042583/1917960‑1918520 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |