Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 536,089 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 536,089 | 0 | G | C | 99.1% | 525.5 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 536,090 | 0 | C | G | 99.6% | 527.0 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (119/106); minor base T (1/0); total (120/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 536,091 | 0 | T | A | 99.6% | 529.6 / NA | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (120/106); total (120/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
CGGTGAATTCATGCATAGCCTGGGAGATTGGCTCGTAAGGCTGAAGACCGAGCTGGCGGACAAGAATTTTATCCTGATACAAAACGGCATCTCCGTGGAGAATGAGTAAAAGTGGGGGAAAAGTATATCACAGCGAGGAGAGGGGAGTTACCCGACCAGGAGCCGGGTAACGGAGAAGCGAGTTACAGAACCATGCGGACAATATCGATTTTGCCCAGTTCTTCATACAGTGTTTCAACCTGCTCGATATGAGTGGCGTTGATAGTGATAGATACGCTGTGGTAGTTGCCTTTGCTGCTTGGTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTT > CP042583/535814‑536370 ||| cGGTGAATTCATGCATAGCCTGGGAGATTGGCTCGTAAGGCTGAAGACCGAGCTGGCGGACAAGAATTTTATCCTGATACAAAACGGCATCTCCGTGGAGAATGAGTAAAAGTGGGGGAAAAGTATATCACAGCGAGGAGAGGGGAGTTACCCGACCAGGAGCCGGGTAACGGAGAAGCGAGTTACAGAACCATGCGGACAATATCGATTTTGCCCAGTTCTTCATACAGTGTTTCAACCTGCTCGATATGAGTGGCGTTGATAGTGATAGATACCGAGTGGTAGTTGc < 1:161459/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |