Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,930,027 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,930,027 | 0 | A | T | 99.6% | 622.4 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (112/150); total (112/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,930,028 | 0 | C | G | 98.9% | 606.7 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (111/148); minor base T (1/2); total (112/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,930,029 | 0 | T | A | 99.2% | 611.8 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/149); minor base G (0/2); total (112/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TCACCGTAGGGAGGATAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTACTGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGTTCTTTAAAGGGATTGCTTAATAATGCGTTCATCGTGTTCCTTAACCTATTTAATGATGTGCCACGTCGGTCTGCGCAACAGTGCGATTTACACGCAGAGTGAAAATAATCAGGCTACCGATGACCGCCACCGCTGCCAGCGTCAGTAATCCCGCCGCATCGCTGGCAAATAACGTTTCTGCTTTCACGCGCAGGATCGGGGCAATAAACCCGCCCACTGCACCAAACAGGT > CP042583/1929749‑1930303 ||| cGTAGGGAGGATAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAg > 2:838989/1‑289 (MQ=255) gTAGGGAGGATAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGa < 1:838989/289‑1 (MQ=255) ggaggaTAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCaa > 2:435047/1‑289 (MQ=255) aTAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGc > 2:1933758/1‑289 (MQ=255) aTAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGc > 2:1674826/1‑289 (MQ=255) cgcgTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACt > 1:1204850/1‑288 (MQ=255) cgcgTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCATTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACAAATTTGCACt > 1:1091397/1‑288 (MQ=255) 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ccggACGGGCCTGGTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACg < 1:251436/286‑1 (MQ=255) ccTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACg < 2:1423114/289‑1 (MQ=255) cTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGt > 1:1483448/1‑289 (MQ=255) 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ttCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGTTCTTTAAAGGGa < 2:1483448/289‑1 (MQ=255) tCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGTTCTTTAAAGGGa < 1:945036/288‑1 (MQ=255) tCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTTGAGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGTTCTTTAAAGGGa < 1:994673/288‑1 (MQ=255) 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TCACCGTAGGGAGGATAGCGCGTGGCAGACACCACCTGACGTGCCTGTTCGGCAGTATCGACCATCGGGATCAGTAGAGTTTGCGCGCCAATATCCAGGACTTGTTTAATCAGCGGTTTACTGCCTTCCACCGGACGGATCACGGGTTGGCTGGCATAGGGCGCTACCGCCTGTAGCTGATGATAAAGATCCTGAATGGTGTTTGGCGCGTGCTCCCCGTCAATCAGCAACCAGTCATAACCAGAAGTGGCGGCAATTTCTGCCATATAGGCAGTCGTACTGCTTAACC‑ACAGACCAATTTGCACTTCGCCCTTGCGTAAACGTTCTTTAAAGGGATTGCTTAATAATGCGTTCATCGTGTTCCTTAACCTATTTAATGATGTGCCACGTCGGTCTGCGCAACAGTGCGATTTACACGCAGAGTGAAAATAATCAGGCTACCGATGACCGCCACCGCTGCCAGCGTCAGTAATCCCGCCGCATCGCTGGCAAATAACGTTTCTGCTTTCACGCGCAGGATCGGGGCAATAAACCCGCCCACTGCACCAAACAGGT > CP042583/1929749‑1930303 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |