Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,939,613 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,939,613 | 0 | A | T | 99.5% | 474.7 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,614 | 0 | G | C | 99.0% | 460.2 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (102/97); minor base A (2/0); total (104/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,939,615 | 0 | C | G | 98.5% | 451.6 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (101/98); total (104/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTAGCGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGAGCCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTAGCCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCG‑CCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAAC‑GGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCACCTGTTTTGG > CP042583/1939334‑1939893 ||| gCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTAcc > 1:1299136/1‑289 (MQ=255) gCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTAGCTCCCGCAGGGGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTAcc > 2:935485/1‑289 (MQ=255) tccGGTATTGATGCCCTGCGGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTACTAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa < 2:1486984/287‑1 (MQ=255) cTCGGTCTTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTGACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATGCTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTTCGGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGTCGCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCATCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCaa < 2:1540957/289‑1 (MQ=255) 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cAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTTCGCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCG‑CCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAAC‑GGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGccc > 1:433998/1‑289 (MQ=255) agctcCCGCCGGTGCATTTAATCTGCATGGTTAGCTGTTACCAAAATATCGTGCTCGCGCG‑ACGATGAACTGCGTGCTGGTCAACGGTGAAAC‑GGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGTTGCCGGGGCCCTCGTGGCGCAACGACGCATTGCCATTACGCAAGACGATACCGCCATTCCTCTCCATCATCAACTGTACCTTTCCCTCCGCCAGCTACGGGAACAGCCATTACCCGCCATTCAACATGGTCATATTCTCGAAATCCCCCAacg > 2:1419781/2‑288 (MQ=255) cTGCATGGTTCGCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCG‑CCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAAC‑GGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCGTGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCCCCTGTTTTg > 2:1318807/1‑289 (MQ=255) ||| TGCCTCGGTATTGAAGCCCTGCTGGCTGCCGGTTACGAAATTAGCGCCATTTTTACCCATACTGATAATCCCGGTGAAAAAGCCTTTTATGGTAGCGTGGCTCGTCTGGCGGCGGAAAGAGGCATTCCGGTTTATGCGCCGGATAACGTTAATCATCCGCTGTGGGTGGAACGCATTGCCCAACTGAGCCCAGATGTGATTTTCTCTTTTTATTATCGCCATCTTATTTACGACGAAATTTTGCAGCTCGCTCCCGCAGGTGCATTTAATCTGCATGGTAGCCTGTTACCAAAATATCGTGGTCGCGCG‑CCGCTGAACTGGGTGCTGGTCAACGGTGAAAC‑GGAAACTGGCGTTACATTGCACCGAATGGTGAAACGTGCCGATGCCGGGGCCATTGTGGCGCAACTGCGCATTGCCATTGCGCCAGACGATATCGCTATTACGCTGCATCATAAATTGTGCCATGCCGCGCGCCAGCTACTGGAACAGACATTACCCGCCATTAAACACGGTAATATTCTGGAAATCGCCCAGCGCGAAAACGAAGCCACCTGTTTTGG > CP042583/1939334‑1939893 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |