| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,940,687 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,940,688 | 0 | G | C | 100.0% | 707.1 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (139/160); total (139/160) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,940,689 | 0 | C | G | 99.7% | 704.1 / ‑4.5 | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/158); minor base A (0/1); total (139/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
ATGGATTGAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGAGTACTAGTGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATAGCGTAAGTAAACAATTACTTGATCGGGTGATCTGGGCCTATGGCGAAAAAGAGGGTTTACAGTTCACCCTCTTCCGCCCGTTTAACTGGATGGGACCACGACTGGATAACCTTAATGCAGCGCGAATTGGCAGCTCCCGCGCTATTACGCAACTCATTCTCAATCTGGTAGAAGGTAGTCCGATTAAGCTGATTGATGGCGGAAAACAAAAACGCTGCTTTACTGATATTCGCGATGGTATCGAGGCGTTATACCGCATTATCGAAAATGCGGGAAA > CP042583/1940419‑1940964 ||| aTTGAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGTCAACTTCAGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATTCGGTATCAAAACAATTACTTGAt < 1:1043796/288‑1 (MQ=255) 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gCTGGATTTATTCGGTATCAAAACAATTACTTGATCGGGTGATCTGGGCCTATGGCGAAAAAGAGGGTTTACAGTTCACCCTCTTCCGCCCGTTTAACTGGATGGGACCACGACTGGATAACCTTAATGCAGCGCGAATTGGCAGCTCCCGCGCTATTACGCAACTCATTCTCAATCTGGTAGAAGGTTCACCGATTAAGCTGATTGATGGCGGAAAACAAAAACGCTGCTTTACTGATATTCGCGATGGTATCGAGGCGTTATACCGCATTATCGAAAATGCGGGaaa > 1:989356/1‑289 (MQ=255) ||| ATGGATTGAGTATCATGTCAAAAAATGTGATGTCGTCTTGCCGCTGGTGGCGATAGCCACGCCGATTGAATATACCCGCAACCCGCTGCGCGTATTTGAACTCGATTTTGAAGAGAATCTGCGCATTATCCGCTACTGCGTGAAGTACCGTAAGCGAATCATCTTCCCGAGTACTAGTGAAGTTTATGGGATGTGTAGCGATAAATACTTCGATGAGGACCATTCTAATTTAATCGTCGGCCCGGTGAATAAACCACGCTGGATTTATAGCGTAAGTAAACAATTACTTGATCGGGTGATCTGGGCCTATGGCGAAAAAGAGGGTTTACAGTTCACCCTCTTCCGCCCGTTTAACTGGATGGGACCACGACTGGATAACCTTAATGCAGCGCGAATTGGCAGCTCCCGCGCTATTACGCAACTCATTCTCAATCTGGTAGAAGGTAGTCCGATTAAGCTGATTGATGGCGGAAAACAAAAACGCTGCTTTACTGATATTCGCGATGGTATCGAGGCGTTATACCGCATTATCGAAAATGCGGGAAA > CP042583/1940419‑1940964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |