| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,942,556 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,942,556 | 0 | A | T | 98.2% | 524.5 / NA | 231 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (110/113); minor base C (4/0); total (115/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,942,557 | 0 | G | C | 99.6% | 538.0 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (114/114); total (114/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,942,558 | 0 | T | A | 99.1% | 524.8 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (111/114); total (114/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCAGTTTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTATCAGT > CP042583/1942277‑1942837 ||| tGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCTGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTa < 1:1186201/289‑1 (MQ=255)tGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTa < 1:548063/289‑1 (MQ=255)tGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTa > 2:1705332/1‑289 (MQ=255) gCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTAtt > 2:56597/1‑289 (MQ=255) gCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTAtt > 1:258377/1‑289 (MQ=255) ccGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTa > 1:1889878/1‑289 (MQ=255) cGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTAt < 2:272355/289‑1 (MQ=255) aaCGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTATCTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATc < 1:398931/289‑1 (MQ=255) aaCGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATc < 1:1291084/289‑1 (MQ=255) cgcgTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCgg < 1:1411294/289‑1 (MQ=255) cgcgTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCg > 1:590110/1‑288 (MQ=255) ggAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGc < 1:1826157/288‑1 (MQ=255) aagtgaggaAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTc < 2:1567316/282‑1 (MQ=255) tCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCCCAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGa > 2:423007/1‑288 (MQ=255) gCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCAt > 1:994957/1‑289 (MQ=255) gCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGTTACACGGCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCTTTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTTCTCGATCCGTTTATTGCCTTctg > 2:681046/1‑286 (MQ=255) 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ccATCTGTGTGGACTACGTTATTTCGAAAAACCCATGGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTAGTGGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTTGTCACCTGTTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATCAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGc < 2:1846201/289‑1 (MQ=255) cATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTa > 1:1882656/1‑259 (MQ=255) tCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCAtt > 2:1311454/1‑264 (MQ=255) gCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAACCGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTCTCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTctggctg > 2:794237/1‑289 (MQ=255) gCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTctggc < 1:1115937/287‑1 (MQ=255) aCGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTa < 1:890211/245‑1 (MQ=255) aCGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTa > 2:890211/1‑245 (MQ=255) aCGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCa > 2:492902/1‑289 (MQ=255) aCGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCa > 2:1082668/1‑289 (MQ=255) 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aTTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGa < 1:201243/289‑1 (MQ=255) aTACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCaa < 1:1599246/288‑1 (MQ=255) aTACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTAAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGGGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGGTGAAAGGaaaa > 2:1396963/1‑289 (MQ=255) 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gCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGctggctgg < 2:121113/289‑1 (MQ=255) gCCACAGTAATTTATCTCTCATTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGctggctgg < 2:705120/289‑1 (MQ=255) ||| TGGCAACCCGATGAAACGCGTTATGCGGAAATCAGTCGAGAAATGCTGGCATCCGGCGACTGGATTGTGCCCCATCTGTTAGGGCTACGTTATTTCGAAAAACCCATTGCCGGATACTGGATTAACAGCATTGGGCAATGGCTATTTGGCGCGAATAACTTTGGTGTGCGGGCAGGCGTTATCTTTGCGACCCTGTTAACTGCCGCGCTGGTGACCTGGTTTACTCTGCGCTTATGGCGCGATAAACGTCTGGCTCTACTCGCCACAGTAATTTATCTCAGTTTGTTTATTGTCTATGCCATCGGCACTTATGCCGTGCTCGATCCGTTTATTGCATTCTGGCTGGTGGCGGGAATGTGCAGCTTCTGGCTGGCAATGCAGGCACAGACGTGGAAAGGCAAAAGCGCAGGATTTTTACTGCTGGGAATCACCTGCGGCATGGGGGTGATGACCAAAGGTTTTCTCGCCCTTGCCGTGCCGGTATTAAGCGTGCTGCCATGGGTAGCGACGCAAAAACGCTGGAAAGATCTCTTTATTTACGGCTGGCTGGCGGTTATCAGT > CP042583/1942277‑1942837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |