| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,944,219 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,944,219 | 0 | A | T | 100.0% | 663.8 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (144/135); total (144/135) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,944,220 | 0 | G | C | 99.3% | 654.8 / ‑5.3 | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (142/133); minor base T (1/1); total (144/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,944,221 | 0 | T | A | 99.6% | 658.8 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (143/135); minor base C (1/0); total (144/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AAACATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTAAGCCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCAGTGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTAGCTTTTGGCCTGGATGCCCGGATACTGTTACTCGGGCTGCTGGGTTATCTGCTTTCCGTTTTTTGTTGGTATAAAACGCTTCATAAACTTGCGCTAAGCAAAGCCTATGCCTTGCTCAGTATGAGTTATGTGCTGGTATGGATTGCTAGTATGGTACTTCCCGGCTGGGAAGGGACTTTTAGCCTGAAAGCACT > CP042583/1943944‑1944496 ||| aaaCATATCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAAt < 1:518495/288‑1 (MQ=255) tCGTGCTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACAGGTATCGCAGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCATCGGGAGTCCGGGGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGGTGCATTAATGCCTCAGTTTCGCAATTAAGccgt > 2:202675/1‑287 (MQ=255) cTGTGGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGttt > 1:231858/1‑289 (MQ=255) gtgGCTGGGACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTTATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGttttt > 2:753835/1‑288 (MQ=255) tGGGTCTGGTTCTGGCTTGTCTTGGGCTTGTCTTGCGGCTCTGCCTGCTGGTCTTGCAGACCCTACCGGTAGGCATTGTTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTGTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTAGCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTgcggc < 2:845865/288‑1 (MQ=255) ggACTGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAg > 2:766959/1‑289 (MQ=255) tGGCGCTGGCTTGTCTTGGTCTTGCCATGGTGCTCTGGCTGCTGGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCa > 1:1497580/1‑288 (MQ=255) 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gctgGTCTTGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGc > 1:1579348/1‑287 (MQ=255) ttGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGACGCACTTATGGGATTTTATCGCGGCTCTGTTa > 1:1068616/1‑287 (MQ=255) ttGCAGAACGTACCGGTAGGCATTGCTTACCCGATGTTAAGTCTGAATTTTGTCTGGGTGACGCTGGCTGCAGTAAAACTGTGGCACGAACCGGTATCGCCGCGTCACTGGTGTGGGGTGGCGTTCATTATTGGCGGCATTGTGATCCTCGGGAGTACGGTGTAATGGGCCTGATGTGGGGATTATTCAGCGTCATTATTGCCTCAGTTGCGCAATTAAGCCTGGGTTTTGCGGCGAGTCATCTGCCGCCGATGAAGCACTTAGGGGATTTTATCCCGGCCCTGTTa > 1:899509/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |