Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,950,452 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,950,452 | 0 | G | C | 99.1% | 537.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,950,453 | 0 | C | G | 99.6% | 537.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (97/132); total (98/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,950,454 | 0 | T | A | 99.1% | 537.5 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/130); minor base G (1/1); total (98/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGGCTGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACACTCATGAGTTTGTCCGGTATCAATATTGCGGCTAAGTATAAGGAGCTACAAAAATAGATTATTGATATGAATCGGTAATGATGCGACTCATTATTATTCCATTTGTAATAAAGTACGCAGCCCTGCCGCTTTGTTGTCGATTTCCTGCCACTCTTGCTCGGGGTCGGAACCACGGACAATGCCCGCGCCA > CP042583/1950174‑1950732 ||| aTTCCCGGCTGGCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTgggg < 1:546238/289‑1 (MQ=255) cgcgtggggatgtGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATa < 2:471129/277‑1 (MQ=255) gCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCCCCTCGAAATGGGTGCGGGGACTGAATGCGGAATTCCCCGCCGCCGCTAACGCTAACGGCGTCGAAGACCGCCCTGAGGCGATACAGAtg > 2:575701/1‑289 (MQ=255) gCGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCCGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCCGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCCACATGGGTGCAGCGAATGAATGCGGACTTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTCGAACGGGAGCCGTGGGCGATATAGAtg > 2:1792948/1‑289 (MQ=255) cGAATTGCCTGATTCGCGCCGCAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAAAGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGAtgt > 1:1594174/1‑289 (MQ=255) gccgcAGTCAATTAGCTCCGGCGGGCGATCGGCGGTTAAGAGAATCAGTTTTTCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTTTCTGACGCCGTGAcgg > 1:1211120/1‑288 (MQ=255) gTCAATTGGGTCCGGCGGGCGGTGGGCGGTTAAGAGAATGATGTTTTCT‑CCGGTGAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCCCCGCCGTGCCGGAGGGCACAATCACCGCCCCCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTaa < 2:1073662/288‑1 (MQ=255) 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atttttCTCCCGGTTAACCAGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGGGA‑TTTGCCCCCGCCGGGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATgcgc < 2:30222/288‑1 (MQ=255) tttttGT‑TCGGGTCATCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGTGA‑TTTGGCACCGCCGTGCTGGAGGTCACTAGCACCGCCACCGGCTGCTTGCAGACTTTCGGCCGCCCCAGCGCCAGATGCCACAGCCCACGCTCATCGAAATGGAGGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTACGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAAGGCGAGCCTGGGGCGATAAAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCGAGAATGAGCGCGGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCtt < 2:238051/289‑1 (MQ=255) ttttCT‑CCGGTTAACCCGGCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTa < 1:905856/289‑1 (MQ=255) cctgCTTCAATCAGTGCCGGATAGAGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCAGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGt < 1:1868031/286‑1 (MQ=255) cggcttacacccgTGCCGGATAGGGATTTTGCCA‑CGCCGTGCCGGAGGTCACAATCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGGCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTc < 2:1309997/277‑1 (MQ=255) cGGCTTCAATCGGTGCCGGATGGGGA‑TTTGCCACCGCCGTGCCGGAGGTCACAACCACCGCCACCGGCTGCTTGCTGACTTTCGCCAGCCCCAGCGCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCCGCCGCTAACGTTAACGGTGTAGAACGCGAGCCTGGGGCGATACAGATGTGTCTGACGCCGTGACGCGTTAATGCTTCCAGAATGACCGCCGCCCAGCGTCGGTTAAATGCGCTTACTGACATGAGTTTGTc < 2:319440/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |