| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 447,246 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 447,246 | 0 | A | T | 100.0% | 572.7 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 447,247 | 0 | G | C | 99.2% | 549.5 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (152/85); minor base A (0/2); total (152/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 447,248 | 0 | T | A | 99.2% | 563.8 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (151/86); total (152/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATAGCGTCAGTTTAA‑TGATTATTAGTCGAAAACTCAGCGAAAGTGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAGCGAAGCGGCGGATGCGGGGATCGCGCAGGCGATTATGCAGCAGCTTGAAGAGGCGCTAAAACAACTGGCGCAGGGGAGTGGCAGCAGCCAGGCGTTGACGCAGGTGCGTCGCTGGGACAGTG > CP042583/446968‑447516 ||| aGAATTTATTTGATAATCCGCTCACTTTTAACCTGATTTTTAAAACAACAACGCTTATTAAAAAATAATGAGTAATAGCCTGGTGGTTATTTGAATTCTTTTGTTAATAATTCCTGTGTGATATTCATCACCTTATTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCAACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAACAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAA‑TGATTATTTCACGAAAAc > 2:1874980/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |