Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,954,241 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,954,241 | 0 | A | T | 99.5% | 470.4 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,954,242 | 0 | G | C | 100.0% | 471.4 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (96/105); total (96/105) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,954,243 | 0 | C | G | 99.5% | 467.2 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (96/104); total (96/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
CTTGATTCAGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCTA > CP042583/1953964‑1954521 ||| cTTGATTCAGCACAACCTTTGCAACTAAAAGGAGCCCATGATGGTTACAGTTGTCAGCAATTATTGTCAATTATCTCAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGa < 1:1057417/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |