Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,954,319 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,954,319 | 0 | A | T | 100.0% | 493.4 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,954,320 | 0 | G | C | 100.0% | 486.9 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (98/107); total (98/107) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,954,321 | 0 | T | A | 99.5% | 487.6 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (98/105); minor base G (0/1); total (98/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CAAACGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTAAGCATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAAAGTCATGATAGTGATGATCTCCTGTTCAAAAAACTATTCTCCCCTAGCAAATTAATGACAATTATCGGTGATGAAATTCCTCTTATATCTGAAAAACAGAGCCTTAGTAAGGTGCTTTTAAATGATGAGAATAATGAACTGAGTGATGGTACAAACTTCTGGGATAAAAATCGTCAATTAACCACAGATGAAATAGCTTGCTATCTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACT > CP042583/1954040‑1954592 ||| aaaCGCAACTCAGTCAGACATTTGCAGAAAAATTTACTGTGACCGAGGAATTACTGCAGTCTTTAAAAAAAACAGCGTTATCCGGAGATGAAGAAAGCATTGAGTTACTGCATAATATTGCGTTAGGTTATGATAAATTTGGGAAAGAAGCTGAAGATATTCTTTACCATATTGTTAGAACCCCAACAAATGAGACCCTATCGATTATCCGACTTATCAAAAATGCTTGTTTAAAATTATATAATCTGGCACATATCGCAACCAACTCCCCCCTCAAATCACATGAttc < 2:1308264/289‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |