| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,954,802 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,954,802 | 0 | A | T | 100.0% | 110.9 / NA | 48 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (24/24); total (24/24) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,803 | 0 | G | C | 100.0% | 108.1 / NA | 48 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (24/24); total (24/24) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,954,804 | 0 | T | A | 100.0% | 110.7 / NA | 48 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (24/24); total (24/24) | |||||||||||
CTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCAAGTTGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTAGCCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACAGTTTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATAGTCTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGAGCAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTAAAAAATATAGTGCAGAAGAGCAGTACGAAATTGAT > CP042583/1954523‑1955077 ||| cTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGc < 2:15654/289‑1 (MQ=255) aTCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTa > 1:1002099/1‑289 (MQ=255) tCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTaa < 1:1179184/289‑1 (MQ=255) cgccgcTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAAt > 1:883259/1‑289 (MQ=255) cgccgcTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAAt > 1:1422186/1‑289 (MQ=255) aaTGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTa < 2:883259/289‑1 (MQ=255) aaaTACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGaa < 1:1545632/289‑1 (MQ=255) cTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATgtcgaataa < 2:329990/289‑9 (MQ=255) ggTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGaataata > 1:1807488/1‑289 (MQ=255) tctACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAatat > 1:165409/1‑289 (MQ=255) 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ttAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCAt < 1:1092678/245‑1 (MQ=255) ttAAGAGCGATCCATCATGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCAt > 2:1092678/1‑245 (MQ=255) ccccATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCa < 2:1519480/289‑1 (MQ=255) ccccATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCa > 2:884348/1‑289 (MQ=255) gATATTAGTTTCGCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAgg > 2:1953470/1‑289 (MQ=255) ttaatttcgctaacgAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGaaa < 2:1864720/275‑1 (MQ=255) 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aaaaTAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAgcg < 2:1150396/289‑1 (MQ=255) aaaTAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAgc < 2:1422186/287‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGt < 1:1790362/289‑1 (MQ=255) aaaaaaaaTAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGt < 2:370510/289‑1 (MQ=255) cAAATAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTg > 1:1750561/1‑289 (MQ=255) aaaTAAAATGCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGa < 2:1750561/289‑1 (MQ=255) gCGTCATATTCAACTCATTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTaa > 1:1161209/1‑289 (MQ=255) tcaactcattGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTAAAAAatattc < 1:884348/281‑3 (MQ=255) tcattGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTAAAAAatattcagcag > 2:1510168/4‑282 (MQ=255) 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aaGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTg > 2:638965/1‑204 (MQ=255) aaGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTAAAAAATATTCAGCAGAAGAGCAGTACGAAATTg < 2:1322729/282‑1 (MQ=255) aaGAAAATTCACTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGTCGAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTAAAAAATATTCAGCAGAAGAGCAGTACGAAATTg > 1:1322729/1‑282 (MQ=255) ||| CTTCAGAAGATCGCCGCTAATGCAAAAAATACTCAAGTCAATTATCCTACTGGTCTCTACGTCCCCTACTCCACCAGAACTCACCTGGAAGACGCTCTCAATGAAAATATTAAGAGCGATCCAAGTTGGCCGAATGAAGTCCAGTTATTCCCCATAAATACTGGCGGACACTGGATATTAGTTAGCCTACAGAAAATAGTAAATAAAAAAAATAATAAACTACAAATAAAATGCGTCATATTCAACAGTTTGCGTGCACTAGGCTATGATAAAGAAAATAGTCTTAAGCGTGTCATTAATAGTTTTAATTCTGAACTCATGGGAGAAATGAGCAATAATAATATAAAAGTTCATTTAAATGAACCAGAGATAATATTTTTACATGCCGATCTTCAGCAATACTTAAGCCAAAGTTGCGGTGCATTTGTGTGCATGGCAGCCCAGGAAGTGATTGAACAAAGGGAAAGCAATTCTGACAGCGCCCCCTATACGTTATTAAAAAACCATGCTGACAGATTTAAAAAATATAGTGCAGAAGAGCAGTACGAAATTGAT > CP042583/1954523‑1955077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |