Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,956,015 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,956,015 | 0 | G | C | 99.3% | 625.0 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (148/120); total (148/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,956,016 | 0 | C | G | 99.6% | 632.7 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/123); minor base A (1/0); total (148/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,956,017 | 0 | T | A | 100.0% | 644.5 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (148/123); total (148/123) |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
AGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTGCTCAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATACTTTCAATGCTTTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGGCTATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATAATTTCAA > CP042583/1955737‑1956293 ||| aGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGa < 2:1663036/288‑1 (MQ=255) ttttCATAACCATTCTTACGGTATTCCCTGACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCTCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTAAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCTACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGc < 2:31455/289‑1 (MQ=255) tttCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGTGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCACTGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCTCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACTTCGACAGATTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGcc < 1:1125479/289‑1 (MQ=255) ttCATAACCAATCTGACGTTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCa < 1:683286/289‑1 (MQ=255) ttCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCa > 2:1717162/1‑289 (MQ=255) aaCCCATCTTACAGTGTTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCCACCGTAATCAACATCTGACGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGtt < 2:626417/289‑1 (MQ=255) aCCAATCTTACGGTATTCCCGTAACCCCGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGTAATCTTTTGCTACGGTAATTAACATCTGCCCGAGTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCCGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGGCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCCTTGCCTCGGTGGAATTTCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTa < 2:1834358/289‑1 (MQ=255) aTCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAg > 1:1600205/1‑288 (MQ=255) tCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCCATTTGCTCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACGTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTGTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTc < 2:1923612/289‑1 (MQ=255) tCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTc > 2:526798/1‑289 (MQ=255) 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ttccccACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTTAAATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACGTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCtaa < 2:1600205/286‑1 (MQ=255) ccACGCGGGGTTAACCTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATTAACATCTGCCGCTTTTAACTATTCAAGACTTTCTTCGCTTCCGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAATTCACCGTCAGTGTCTAATaaa < 1:822596/289‑1 (MQ=255) aaccTCATTTTTTGCTTTGTAATCTTTTGCTACGGTCATCAGACTCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTACTGCGCTTCAGGGAGGGTATCTATGTAGCTGTAGTTCCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTATTTGCTAGTCCCCACGCCAAACGTCGAAAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGCTTCAGTCGATTTTGGATCGTCAATGCAAACGTTAAAGTAACCGTCAGTGGCTAATGATATGCGTTTGATg < 2:1320583/286‑1 (MQ=255) aaaCTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATg < 1:90784/289‑1 (MQ=255) cAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATgccgcc < 1:292970/289‑1 (MQ=255) aaTTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCa > 2:1831995/1‑259 (MQ=255) aaTTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTACTAAAATGCGATTGATtccgc > 1:786648/1‑287 (MQ=255) aaTTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATgccgcc > 2:1410751/1‑288 (MQ=255) aaTTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTCGACAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGAATTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATgccgc > 2:42872/1‑287 (MQ=255) 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tCCCGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGCCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGt > 2:1258506/1‑288 (MQ=255) cGCTGTTTTTTGACCATTGATTCAATCGATTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGc < 2:1052363/244‑1 (MQ=255) tGTTTTTTGACCATTGTTTCAATCGATTTTGGATCGCAAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATCAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGCGAATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTg < 2:916680/288‑1 (MQ=255) ||| AGTTGGCGCTTTTCATAACCAATCTGACGGTATTCCGTTACCCACGCGGGGTTAAACTCAATTTGCGCTTTGACATCTTTTGCTACGGTAATCAACATCTGCCGCATTTCACTATTCAATACTTTCTGCGCTTCAGAGAGGGTATCAATGTAGCTGTAGTTGCCGTTACCAACATCGGCAATTCGCACCATCATTGCCTCGTTGTAATTGCTATTCCCCACGCCAAACGTGCTCAGAGTAACACCAGACTCCCGCTGTTTTTTGACCATACTTTCAATGCTTTTTGGATCGTCAATGCCAACGTTAAAGTCACCGTCAGTGGCTAATAAAATGCGATTGATGCCGCCCTTAATAAACCCCTTCGTCGCCTGCTGATAAGCCAGTTCCAGCCCGGCACCGCCATTGGTACTGCCTTCGGCATCCAGGCTATCAATTGCGGCATTAATTTCCGCCTTATGACTCCCGGAGATAGAAGGCAATGCAATACGGGAGTCGCCAGCGTAGGTCACGATGGCAATGTTATCCTGCTCACGAAGTTCTTTGACCAATAATTTCAA > CP042583/1955737‑1956293 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |