| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,959,875 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,959,875 | 0 | A | T | 100.0% | 309.6 / NA | 130 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (77/53); total (77/53) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,959,876 | 0 | G | C | 100.0% | 307.2 / NA | 130 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (77/53); total (77/53) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,959,877 | 0 | T | A | 99.2% | 306.9 / NA | 130 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (77/52); minor base C (0/1); total (77/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGATATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATAGTAACAATGTCATTCGTTTGATGAATATATTATTTCAGGGAATAATTATGACACCTTTAGAACGCATTACCCAACTTGTTAATATCAATGGTGATGTTAATAATCCTGATACTCCTCGTCCATTGTTATCTCTTGAGGATTTTTTTATTGACAATAATATCCATGGTAGTATATGTTGCAATGTGATTCCAGAACAATCTCCGCAAGCTATCTATCACCATTTTCTGAAAATACGTGAGCGTAACAATGTTAGTGATGTTTTGGTAGAAATTACGATGTTC > CP042583/1959604‑1960156 ||| cTTGATGGCTTCATCAACATCACCGCCAGTCCTCTCTAACAAACGTCTGGCAACCTGGATACCGACAGGTACGTTCTTCCGAAGTTTACGAATTTCACTTAACCATTCCATGTCAAACCCCTTTAAATATTTATGTTATTAAATATAACAACGTCTGGATAACGACCCGGCCTGACTGAATATCTCACGTTTTCCTGCTTAACATTCATGTTATGATGCTCTTGAAACTAATAATACGTATGGAATTGTCACTATTTATCTGCTAATGAATTCAAACAATGTCATTCGt > 1:1482133/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |