Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,972,247 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,972,247 | 0 | G | C | 99.1% | 487.1 / ‑2.3 | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,972,248 | 0 | C | G | 99.5% | 491.7 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (107/103); total (108/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,972,249 | 0 | T | A | 97.6% | 473.3 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (105/98); minor base G (1/4); total (108/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTGCCGAACGGCAGTTCCCACAGTCCCGGATTTTTCACCCGACCGGAGAAGCCCATCAGCTTGGTGCCAGCATCTTTACTTTTGCTGATGTTCTGATACCACTCCACGCCGTTAGCGAGGATCGCCGGAACGTTACACAGGGTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTGCTGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGTAGCGCCCTGCCCCGGTATGGACGAACAGTTCGAAATCGAAACCTGTTCCCATAATGTTTTTGCCAAGCAGACCCGCTTCGGTGGCTTCGGCAATGGCACGGC‑GCAGATTAACTGCCGCTTCGATATATTCGCCACGCAGGAAGATGTAGCCACGGTAAGCTTTCAGCGCAAACGCGGAGATGAGCATACCTTCCACCAGCAGGTGCGGCAGTTGCT > CP042583/1971968‑1972527 ||| tGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTGCCGAACGGCAGTTCCCACAGTCCCGGATTTTTCACCCGACCGGAGAAGCCCATCAGCTTGGTGCCAGCATCTTTACTTTTCGAGATGTTCTGATACCACTCCACGCCGTTAGCGAGGATCGCCGGAACGTTACACAGGGTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTCGAGCGTggg < 1:674980/289‑1 (MQ=255) 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TGGCTGCCAGGCTTTAAATTTCAGACCATCACGCATACCACCGGCGTAATCTTCGAGGATCTCGCGTGCGGTGGTGCCGAACGGCAGTTCCCACAGTCCCGGATTTTTCACCCGACCGGAGAAGCCCATCAGCTTGGTGCCAGCATCTTTACTTTTGCTGATGTTCTGATACCACTCCACGCCGTTAGCGAGGATCGCCGGAACGTTACACAGGGTTTCGACGTTGTTGACACAGGTCGGTTTACCCCATGCGCCGGAGGTTGCCGGGAAGGGTGGCTTGCTGCGTGGGTTAGCACGACGTCCTTCCAGGGAGTTGATTAACGCTGTTTCTTCCCCGCAGATGTAGCGCCCTGCCCCGGTATGGACGAACAGTTCGAAATCGAAACCTGTTCCCATAATGTTTTTGCCAAGCAGACCCGCTTCGGTGGCTTCGGCAATGGCACGGC‑GCAGATTAACTGCCGCTTCGATATATTCGCCACGCAGGAAGATGTAGCCACGGTAAGCTTTCAGCGCAAACGCGGAGATGAGCATACCTTCCACCAGCAGGTGCGGCAGTTGCT > CP042583/1971968‑1972527 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |