Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,974,603 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,974,603 | 0 | G | C | 99.3% | 646.2 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (141/134); total (143/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,974,604 | 0 | C | G | 99.3% | 639.8 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (141/133); minor base T (1/1); total (143/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,974,605 | 0 | T | A | 98.6% | 638.0 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/131); minor base G (1/3); total (142/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCG > CP042583/1974320‑1974884 ||| cGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCCTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCCTTGGTCCGCCCAAA‑GGGCtagaa > 2:570655/1‑285 (MQ=255) 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gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCCAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATaa > 1:749052/1‑289 (MQ=255) gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATaa > 1:548637/1‑289 (MQ=255) gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATaa > 2:142264/1‑289 (MQ=255) 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ttGGCTTTGGTCAGCGCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGACGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCcgcg < 2:1081289/288‑1 (MQ=255) ttGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTa < 1:1085121/289‑1 (MQ=255) gTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGCCCAAAGGAATGCCAAACAGCTCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGGACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGACAGAAATCAGATCGTCGAAAACGGAAACATCCGCTGCCGGCAAc > 2:924900/1‑288 (MQ=255) cTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTc > 1:1668211/1‑288 (MQ=255) tCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTcg < 1:1009282/288‑1 (MQ=255) ||| CGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCG > CP042583/1974320‑1974884 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |