| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 541,970 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 541,970 | 0 | G | C | 100.0% | 527.2 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (119/105); total (119/105) | |||||||||||
| * | CP042583 | 541,971 | 0 | C | G | 99.6% | 521.9 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (118/105); minor base T (1/0); total (119/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 541,972 | 0 | T | A | 99.6% | 532.6 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (118/105); minor base C (1/0); total (119/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AAGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTT‑GGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCGCTCAGGCTCCAGCTCTGCTCAGCCGCCGCTTTACAGGCAGGGCTCAACCCTTCAGGCCCGCCAATCAGTAGACTGACGTCGCGACCATCCAGCTTCCAGCGTTCCAGCTCAGCGGCTAACTGCGGCGTATCCCAGGGCTTGCCTGGAATATCGAGGGTGACAATGCGGTTTTTGCCTGCGGCCGCCAACATCTGCTCACCCTCTTTGTCGAGTATGCGCTTGATGTCCGCATTCTTGCCGCGTTTTCCGGCCGGAATTTCAATCAGCTCGAA > CP042583/541695‑542236 ||| aaGCGAACAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTT‑GGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGc > 1:214690/1‑288 (MQ=255) gAACAATTTGCAGATTAGCACGGGTGGACATACGCAAGCCGGTCAGCAGCAAAAGCCCCAAAAAGGCGACCAGAGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTT‑GGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgc < 2:102564/289‑1 (MQ=255) cAATTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTT‑GGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgccgc < 2:214690/289‑1 (MQ=255) aaTTTGCAGATTATACAGGTTGGCGATAAGCACGCCGGTCAGCAGCAAAATCCCCAAAAAGGCGACCAGCGCCCGGCGCACAAACAGCGCGGACTCTGCCGTATAGTCGCGAAAAGAGTTCTGTAGTTTCATCCGCTGCGTTTTCTACTCAAAGCTCCCTTATCACTCACGGTGATAAGGATGGTT‑GGTGGTGATGCTCCACGCCCGGTACAGACTCTCTGCGACCAGCACGCGAACCAGCGGATGGGGGAGGGTAAGCGCCGACAGCGACCAGCTCTGCTCAgccgc > 2:259494/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |