| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 552,574 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 552,574 | 0 | A | T | 100.0% | 307.8 / NA | 129 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 552,575 | 0 | C | G | 99.2% | 298.9 / ‑5.9 | 129 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (58/70); minor base T (0/1); total (58/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 552,576 | 0 | T | A | 100.0% | 306.5 / NA | 129 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (58/71); total (58/71) | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
GGCGGCGAATTTTACCGAGAAGCAAACTGTTGAACCGGAGCCGCAACCGCAGCCAATGCCCGTTGACGATGGTGGGCCAGGCTGTCTGGGCATCATTAAAATTATTTTCTATATTTTTATCTTTGCTGGTTTGATAGGGAAAATACTCCATCTGTTCGGGTGACAGTCGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCACTGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCACTTTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGGCTCGTACTGTGACCATGAATCGCGGA > CP042583/552297‑552855 ||| ggcggcGAATTTTACCGAGAAGCAAACTGTTGAACCGGAGCCGCAACCGCAGCCAATGCCCGTTGACGATGGTGGGCCAGGCTGTCTGGGCATCATTAAAATTATTTTCTATATTTTTATCTTTGCTGGTTTGATAGGGAAAATACTCCATCTGTTCGGGTGACAGTCGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCt > 1:780333/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |