Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 552,742 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 552,742 | 0 | A | T | 100.0% | 452.9 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 552,743 | 0 | C | G | 99.5% | 442.7 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (86/105); minor base T (1/0); total (87/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 552,744 | 0 | T | A | 100.0% | 449.1 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (87/105); total (87/105) |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCACTGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCACTTTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGGCTCGTACTGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCGGACTGCTTAAATAATCAAAGGCATAATTCACCATGGCTTTATCACGCAACGTCGTTTTCTTGGGTTGGCTAATACAGGTAATTGCTGCAACTATAAAAATTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCA > CP042583/552464‑553022 ||| cGACGTTAATGTGCGGGAAGCCCGGCAAGTAATCTTTCCGCATTTTTGTAATGTTGTTTGGCGGTCAGTTTTAACCATTTTTGAGATTCATAATGGTTAACATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCa < 1:936825/288‑1 (MQ=255) 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tatTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCg > 1:1804534/1‑289 (MQ=255) attgggagttagcatACCCTTTTTTATGTGTTGCCTTACACAAGGTAATTGCTTTACGGTGGTCGGATTTGACCCCCAGACATTTGAGGTAGATCCACCCCAGGTTAATTTGCGCGCGTGGATTTTACTGTTCCGCTGATTTCTTATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCTATATTGTGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTACGTGGCTTCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCgg < 2:616425/279‑1 (MQ=255) atTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCgg > 1:297389/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |