Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 552,835 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 552,835 | 0 | A | T | 100.0% | 441.5 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 552,836 | 0 | C | G | 99.5% | 434.7 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (89/95); minor base A (0/1); total (89/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 552,837 | 0 | T | A | 99.5% | 436.5 / NA | 185 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (89/95); minor base C (0/1); total (89/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
AACATTAATACCACTGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCACTTTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGGCTCGTACTGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTCCGTGGCTGCCGTGGTGAATGGAAGACTGCCCGGACTGCTTAAATAATCAAAGGCATAATTCACCATGGCTTTATCACGCAACGTCGTTTTCTTGGGTTGGCTAATACAGGTAATTGCTGCAACTATAAAAATTGCGAATATATACATTAATTTTTTATTCATGTGTGAATGCTTCGATTTTCTTTTTATTTTGAAAGCGTCAAGTTTATACTCATCAATAATAAAAAAGTAGTCAGTTAATG > CP042583/552562‑553103 ||| aaCATTAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAATGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATc > 1:512680/1‑289 (MQ=255) tAATACCTGAGCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGa < 2:491493/289‑1 (MQ=255) tacctgagCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGaaa > 1:458911/8‑288 (MQ=255) tgagCCATTTCTGTAGATCAAACCTAAAGTATATTGAGCATGAGCATACCCTTGTTCAGCTGCTTCCTTATACCAGAGAATTGCTTTACGGGTGTCGGGTTTGACCCCCAGACCTTTGAGGTAGATCCACCCCAGTTTACTTTGCGCGCGTGGATTTTCCTGTTCCGCTGATTGCTCATACCAGTATCTCGCCTGTGTATAATCCAGTGGTTTACCGTCGCTACCATGAAGATAAAATTCTCCAAGGCGATATTGCGACGTTGAGTGACCATGAATCGCGGAAAGCTc > 2:1579177/4‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |