Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 555,799 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 555,800 | 0 | C | G | 100.0% | 433.4 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (99/84); total (99/84) | |||||||||||
* | CP042583 | 555,801 | 0 | T | A | 99.5% | 431.8 / NA | 183 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (98/84); minor base C (1/0); total (99/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATGCTCTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATACTATCCTGTTCCGGGTGCATGGTACTATAAGTTTCTACACGGCTCACGGGCACAGTGGTGTTTCGTTCAATAATCGGGCTGAAAATGCCGGAAACGCCCTGGCGGTTAACTTCAACGCCCAAGCTGTAAGGGCAAATATCAGTGAGGATTACCTCTTCAATATCTTCACTGCGTAAGCGGCAGGCGGCCTGGATTGCTGCGCCCAGCGCGACAATGGTGCTCGGATCGTAACTTTGATACGGTAATTTGCCAAACAGACGCACGGCGATTCGCTGCACC > CP042583/555523‑556078 ||| cATATCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTcc > 2:395053/1‑289 (MQ=255) atatCGCGCGGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTcc < 2:1162326/288‑1 (MQ=255) atatCGCGCGGAGAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCTACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTAACGGGCTGTGGATAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGATGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCAACTGATAAGACCCGGTTATCTTCAACTGCACAACGAAGAACTACACCAGAATGTGGTTTTTACATTTGTGGTTTTCTCTCTGATAGACGTTAACGGTCATTGAATCCTGTTcag > 2:1656539/1‑287 (MQ=255) cgGATAAATTTTCAATGCGGATAACCGCGTCCGACTCTCTTCAATCTGCTGCGCGCTCAATGTTACCGGGCTGTGGTTAATCACTCTGGACTTAACGCTGCCGTCTTCCAGAAGCACGTCAACTTCAAGCAACCCGTTGATATCATAACTAAAGCGAATATCAATCGACTGATAAGCCCCGGTTTTCTTCAACGGCACATCGAAGGATTCCACCAGAATGTTGTTTTTAACTTTGTGGTTTTCTCCCTGATAGACGTTAACCGTAATTGAATCCTGTTCCGGGTGCATg > 2:1893649/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |